Видите ли, - если посмотрите на ситуацию, из нее видно, что формулировка вопроса в "правильных" термиинах будет, собственно, ответом. Если Вам удобнее в научной (??) терминологии - речь о самосохранении, которое проявляют все живые существа. Говорят обычно об "инстинкте". Это подразумевает довольно сложное уже существо, у которого есть поведение и инстинкты. Я спрашиваю о переходе: есть модели поведения (неравновесного и т.п.) молекул, и есть некое представление о самом простом существе, прокариоте. Как возникает инстинкт этот?

Можно попробовать ответить как-то так.
Пусть сначала есть молекулы, на которые мы смотрим "микровзглядом". То есть, мы (считаем что) можем описать их поведение в чисто физических/химических терминах. Соответственно, мы говорим что такие молекулы не "живут", а просто существуют. Однако, молекулы эти "самовоспроизводятся" (какими-то способами редуцируемыми к физике/химии, разумеется), причем с ошибками. Разные версии молекул обладают разными "способностями" к "самосохранению" и "воспроизведению" (везде имея в виду чисто ф/х свойства), что ведет к увеличению количества тех и уменьшению количества этих и т.д. и т.п.
Здесь оказывается (*), что в определенных условиях такой процесс ведет к неограниченному усложнению как самих молекул, так и связей между их процессами "жизнедеятельности", так что в какой-то момент становится интересно смотреть уже не на отдельные молекулы, а на их большие объединения и на процессы идущие в таких объединениях. Такой взгляд мы назовем взглядом на "организмы". Организмы будут вести себя непредсказуемо сложным образом, однако их поведение иногда будет содержать более или менее сильные тенденции, которые мы назовем инстинктами. "Источник" инстинктов находится разумеется в молекулах и в устоявшейся динамике процессов и их связей.
Некоторые из инстинктов будут чем-то напоминать поведение молекул, хотя непосредственные причины и механизмы будут совершенно другими. В частности, некоторые организмы будут "размножаться". Разумеется, эти организмы в скором времени вытеснят всех остальных. Тут же начнется второй виток эволюции - уже на уровне организмов. Здесь исходные молекулы будут уже играть роль субстрата, как физика-химия для них самих.
Результат этого витка (или нескольких подобных витков?) - клетка.

(*) Можно задать вопрос: "почему оказывается, что в определенных условиях такой процесс ведет к неограниченному усложнению?" Ответ: какие-нибудь пассы про фракталы. По-видимому можно доказать, даже строго математически, что условия не являются сколько-нибудь особыми. Ну или в крайнем случае привлечь антропо-какое-то-там объяснение.