Пинхас не мог владеть знаниями в области бактериологии. А без таких знаний фанатичное стремление к дисциплине во время эпидемии вполне выглядит самодурством.

Мы четко знаем почему он убил. И он поступил правильно не смотря на то, что формально нарушил существовавшие в тот момент законы.

У евреев немного другое понятие о том, что такое чудо. То, что этот мир существует во всем его многообразии и сложности - вполне чудо вне зависимости от того что тебе раскажут професора в университете.
Пинхас не мог знать что такое бактерии. Но он знал, что Б-г приказал поступать определенным образом. И он был полон решимости исполнить приказ. Но тут он встречает человека, который ДЕМОНСТРАТИВНО нарушает предписания. Такое поведение хоть и подсудно, но не карается смертью. И Пинхас не имел права его убить. Но у него было этической чувство, котороев этих обстоятельствах вошло в противоречие с законом, запрещающим убивать. Он поступил по совести и оказался в высшей степени прав. Более прав, чем законы Торы, данные евреям к тому моменту.

Самодурством - причём весьма оскорбительным для всех подчинённых - выглядит приведение командиром женщины во время эпидемии. Командир нарушил все мыыслимые обязательства перед подчинёнными, и _за это_ был убит. Я подозреваю, что Пинхас думал не о дисциплине, а именно "эта сволочь плюнула нам в морду, мы гибнем, а он перед всеми развлекается".

Восстановление дисциплины и прекращение эпидемии было, так сказать, побочным эффектом (но очень полезным). А само убиение - возмездие за потрясающее презрение командира к подчинённым. Справедливое возмездие, заметим.

Что мы "знаем" из Талмуда, меня не интересует. ТаНаХ - Священное Писание, а вот Талмуд я считаю сборником фантазий, иногда полезных, иногда нейтральных, а нередко и вредных.