Да, это связано с происхождением: крокодилы связаны родством с динозаврами и птицами, а потому в их скелете больше сходств с этими группами животных, в то время как морские рептилии (ихтиозавры, плезиозавры и мозазавры) родственны современным змеям и ящерицам, что также обуславливает сходство в строении их скелета. Что же касается сходства крокодилов с мозазаврами - то это не более чем внешнее сходство, обусловленное сходными условиями среды и ролью в экосистеме - высших водных хищников, охотников на крупную добычу. Впрочем, в известном смысле все рептилии друг другу родственники, однако их последний общий предок жил ещё в пермском периоде за 150 с лишним миллионов лет до появления и мозазавров, и крокодилов современного типа.