Проще всего сделать sed'ом.

В том же самом файле (добавляем параметр командной строки -i):

sed -i 's/\r$//' file.txt

В другой файл:

cat winfile.txt | sed -i 's/\r$//' >linuxfile.txt

Это репост с сайта http://tolik-punkoff.com
Оригинал: http://tolik-punkoff.com/2019/08/15/zamena-kontsov-strok-windows-dos-cr-lf-r-n-na-linux-lf-n-v-bash/