Что-то сомневаюсь я... Многие звуки, видимо, шли параллелями с греческого, да и не только в звуках дело. Орфография ведь не только "написание звуков" включает... Как я понимаю, Арапов имел в виду, что многие правила можно понять, только зная церковнославянский - система двух языков ведь до 18 века сохранялась... А когда церковнославянский выпал, получилась система с непонятными и ничем не обусловленными правилами. В самом ли деле это так - и насколько это так? Видимо, для ответа надо представлять себе, сколько и чего осталось в русском правописании (до сих пор) от церковнославянского. Заодно занятно посмотреть, что с этими вещами в нынешнем языковом кризисе происходит. Сейчас ведь язык очередной раз меняется, и быстро...

А сам автор примеры и параллели не приводит? Ну так тогда этот тезис на его совести пусть останется. Увы, церковнославянской грамматике я не обучен, самостоятельно проверить или опровергнуть его выводы не могу.

Понятно, что орфография — не только правила транслитерации отдельных звуков. Но что именно имел в виду Арапов? Что некоторые нелогичные с точки зрения фонетики окончания и другие морфологические конструкции новой орфографии были скалькированы из церковнославянского? Тут возникает вопрос: а в церковнославянском они были фонетичны? Тогда да, заимствование. Или там они тоже не были фонетичны и обусловливались другими соображениями — например, стройностью системы падежных окончаний и т.п.? Тогда что мешает предположить, что при создании новой орфографии был просто использован тот же принцип? И сейчас он нам кажется не вполне логичным лишь из-за того, что не уживаются одновременно две логики, а мы с детства привыкли к другой?

Нет, Арапов не столь подробен, а я за него представить, что он имел в виду, не могу. В общем, как я Вас понял - это пустые хлопоты, ничего особенно трагичного с нашей орфографией не происходит, а если что-то и происходит, то не в церковнославянском дело.

Ну один пример могу подбросить: окончания -ого, -его

Да, напрашивается... Я, правда, слишком неграмотен, чтобы в точности оценить связи с ц.-сл. То есть, по мере разрыва с ц.-сл., в речи и на письме этиокончания должны заменяться? Ну вот сейчас культура в значит. мере секулярная (как мне кажется) - и что, заметна редукция этих окончаний, смена их иными?

Эти окончания действительно редуцируются (или подвергаются чередованию?) в ста процентах случаев, ведь их произносят [ово], [ево]. А школьникам они доставляют много огорчений. Сколько раз мне попадались тетради с любовно выведенным грифом на обложке: Тетрадь по русскому языку Иваного Сергея :)

Ничего особо трагичного не происходит" - ну как Вам сказать.
Например, упразднение "ять". Вроде бы, зачем он? А ведь это буква, которая передавала два звука, такое "ие", типа дифтонга. "Лес" - послушайте, что там звучит, не "е" во всяком случае.
Или вот стали писать "они" во мн.ч. в женском и в мужском роде.
У Пушкина читаем:

- Не пой, красавица, при мне
ты песен Грузии печальной.
напоминают мне онЕ... - и т.д.
Все логично, если вспомнить, что мн.ч. ж. р. было "ОНЕ".( с ятем)
А теперь?

"при мне" - "онИ". Где же рифма?

Лиза в "Пиквой даме" поет:

" Откуда эти слезы, зачем онИ...
Мои девичьи грезы,
Вы изменили мнИ".
Так ведь и поют - "МНИ".
Точно также, только исторически можно понять, зачем нам ф дореволюционной орфографии были "ер" и "ерь" (иногда они путались). "Ъ" на конце слова напоминал о т.н. "законе открытого слога", когда любой слог должен был оканчиваться гласной или т.н."полугласной". Без знания церковнославянского языка все эти вещи непонятны, нелогичны.

Вот спасибо Вам! По отдельности-то мне всё это попадалось, но ведь понимаете - коли непрофессионал, так тем и отличается, что очевидные вещи меж собой связать не может. А тут - забрезжило. Про "нелогичность".