Извините, но как Вы можете рассуждать о философии модели, если Вы, по всей видимости,
а)не знакомы с работами, лежащими в основе АВС-модели
б)не в курсе современного состояния проблемы.
Я не _верю_, а _уверена_, что экспрессия определённых генов определяет развитие определнных органов и, следовательно, их специфику. А что бы ещё её определяло? Госполдь Бог, великий и могучий?
С AP3 — удачи, хотя ген непростой. paleo-AP3, eu-AP3 и прочие сложности... У гречихи нам его пока не удалось вытащить, только PI сразу получился.
PS: А кстати, у нас что, 48-й год на дворе? Вейсманизм-морганизм снова преследуется?

"Я не _верю_, а _уверена_, что экспрессия определённых генов определяет развитие определнных органов и, следовательно, их специфику. А что бы ещё её определяло? Госполдь Бог, великий и могучий?"
-----------------------------------------------------
"дурак, Ваше благородие"

"Извините, но как Вы можете рассуждать о философии модели, если Вы, по всей видимости..."
-------------------------------------------
принимаю непосредственное участие

Современное состояние - это не 2001 год, а хотя бы работы Краммер и Ким -хотя бы

петров - иванов

Чисто внутреннее: вот на такой ноте, как у Вашего оппонента, мне обычно звучат Ваши посты. Поскольку у крокодила до хвоста столько, сколько до головы, то и Вам, наверное, мои Вам - тоже. Охо-хо, грехи наши тяжкие...

"мои Вам - тоже"
----------------

ну да - "есть маленько"... Но Вас я воспринимаю более серьезно, чем vigna -
поэтому в моих ответных "больше злости". То, что она пишет - это естественно
- "больше греха на том, кто соблазнил".

петров - иванов

Santage Kim, Jin Koh, Mi-Jeong Yoo, Hongzhi Kong, Yi Hu, Pamela S. Soltis, Douglas E. Soltis. Expressions of floral MADS-box genes in basal angiosperms: implications for the evolution of floral regulations // The Plant Journal. 2005. 43: 724 – 744

Zahn LM, Kong H, Leebens-Mack JH, Kim S, Soltis PS, Landherr LL, Soltis DE, Depamphilis CW, Ma H. The Evolution of the SEPALLATA subfamily of MADS-box genes: A pre-angiosperm origin with multiple duplications throughout angiosperm history. Genetics. 2005 (in press)

Kramer EM, Jaramillo MA, Di Stilio VS. Patterns of gene duplication and functional evolution during the diversification of the AGAMOUS subfamily of MADS box genes in angiosperms. Genetics. 2004;166:1011–1023.

Victor A Albert, Douglas E Soltis, John E Carlson, William G Farmerie, P Kerr Wall, Daniel C Ilut, Teri M Solow, Lukas A Mueller, Lena L Landherr, Yi Hu, Matyas Buzgo, Sangtae Kim, Mi-Jeong Yoo, Michael W Frohlich, Rafael Perl-Treves, Scott E Schlarbaum, Barbara J Bliss, Xiaohong Zhang, Steven D Tanksley, David G Oppenheimer, Pamela S Soltis, Hong Ma, Claude W dePamphilis, and James H Leebens-Mack. Floral gene resources from basal angiosperms for comparative genomics research. /BMC Plant Biol. 2005 5: 5.

Kim S, Yoo M-J, Albert VA, Farris JS, Soltis PS, Soltis DE. Phylogeny and diversification of B-function MADS-box genes in angiosperms: evolutionary and functional implications of a 260-million-year-old duplication. American Journal of Botany. 2004

Kim et al. - AJB 91:2102–2118.
Albert et al. - C Plant Biol. 2005 5: 5: 1 - 15

и подписаться забыл...

И зачем, интересно, Вы привели здесь ссылки на эти работы? Может быть, Вы полагаете, что я не читала этих статей? Если так, то Вы ошибаетесь, читала, с некоторыми из упомянутых авторов недавно довелось лично поговорить (Matyas Buzgo, Michael Frohlich). Так что вся эта информация для меня отнюдь не тайна за семью печатями.
Или Вы вывесили здесь этот список для того, чтобы показать свою осведомлённость?
Или, может быть, Вы даёте эти ссылки для того, чтобы другие участники дискуссии могли ознакомиться с работами по АВС-модели?
Если так, то такой выбор — непозволительная избирательность. Есть ещё работы Theissen'a, Bauma'a, которые (в особенности последний) отличаются более взвешенным подходом и, нельзя не признать, более глубокими знаниями именно классической ботаники, чем те же неутомимые Солтисы.

первые две Вы читать едва ли могли - вторая (из них) в печати, первая вышла 3 недели назад. А привел я Вам их для того, чтоб Вы меня не упрекали "в незнании источников" - или - если упрекаете - чтобы ссылались на последние работы, а не на 2001. Buzgo и Frohlich много работали с Солтисами, как и Baum (меньше) - к чему здесь реплика о "незнании" (якобы) Солтисами "классической ботнаники", не понял. Далее, источники приведены "навскидку" - я ж написал Вам - "хотя бы" (Крамер и Ким)"(c)

И тем не менее я их читала:) Дело в том, что прежде чем выйдет бумажный вариант журнала, статьи публикуются в электронном виде. Например, full-text второй из статей находится здесь (http://www.genetics.org/cgi/content/full/169/4/2209). А уж как мне удаётся их так быстро отслеживать... Чудеса автоматизации!
Ссылка на 2001 год была мной дана, естественно, не потому что моё знакомство с АВС-моделью на этой стадии остановилось, а потому, что имеет самое непосредственное отношение к затронутой автором поста теме.
> Buzgo и Frohlich много работали с Солтисами,
Неоспоримо. Бузго как раз рассказывал мне, как он устроился работать в лабораторию Солтисов и как вообще непросто жить за рубежом:()

как и Baum (меньше) - к чему здесь реплика о "незнании" (якобы) Солтисами "классической ботнаники", не понял.

А вот к чему. Как Ваш первый (до моего "появления" в этой теме) коммент, так и некоторые другие проникнуты мыслью: "ах эти молекулярщики, только на паттерны экспрессии и смотрят, классической морфологии не знают, только и знают, что деньги тратить...". Солтисы действительно либо не знают, либо не считают нужным учитывать данные морфологии и склонны судить о функции гена по нукл. последовательности и паттерну экспрессии, что не есть полностью правильно. Их подход с точки зрения морфолога (да и генетика тоже) наиболее одиозен, поэтому у человека, знающего только работы этой группы исследователей, может возникнуть представление о маразматичности АВС-модели и всего, что с ней связано.
Баум полемизирует с ними (например, замечательные статью про missing links, думаю, Вы их знаете, ссылки не буду приводить:) и его подход мне представляется более разумным.

> написал Вам - "хотя бы" (Крамер и Ким)"(c)
Э... Крамер отдельно, Ким отдельно. Работы Крамер для меня особенно важны, она много работала именно с AP3, да и Ким без внимания не остаётся:)

*"Дело в том, что прежде чем выйдет бумажный вариант журнала, статьи публикуются в электронном виде"
---------------------------------
Ай, просветили...

Солтисы - прекрасные ученые (Вы говорите о теоретических разногласиях с Baum),
a ABC model порочна по причине того, о чем Вы сказали выше - она - при всех
экивоках - повторяет эту ошибку - "орган определяется спецификой ген экспресии", но для того, чтобы понять ошибочность этого, Баума - тем более, Сатлера, недостаточно

вот он - "корень зла": "Я не _верю_, а _уверена_, что экспрессия определённых генов определяет развитие определнных органов и, следовательно, их специфику. А что бы ещё её определяло? Госполдь Бог, великий и могучий?"

http://www.livejournal.com/users/ivanov_petrov/245186.html?thread=5845186#t5845186

- и полемика Баума и Солтисов - имеет десятое отношение к этой уверенности - они "оба" в это верят - и в контексте нашего разговора речь идет о деталях. Солтисы - если коротко - интресны тем, что играют строго по правилам - а не скрешивают "ежа с ужом", как их оппоненты - т. е. их логика вполне тождестванна логике "отцов - основателей" - Мейеровича и Коэна, а Баум - "уклонист", но это все, повторяю, детали - а о главном хорошо сказано в заглавии темы, хотя аргументация потребует выхода за пределы ЖЖ

*"У гречихи нам его пока не удалось вытащить, только PI сразу получился"
-------------------------------------------------------------
Я набрел на 2 интересные ссылки в ГенБанке: RAU28483 и RAU28482 (RUMEX (!) CDS , similar to ... apetala3 of Arabidopsis thaliana), однако из Caryophyllales там появилась Spinacia oleracea APETALA3 (AP3) mRNA, partial cds. однозначно - номер AY604514, см. также Pfent,C., Pobursky,K.J., Sather,D.N. and Golenberg,E.M. Characterization of SpAPETALA3 and SpPISTILLATA, B class floral identity genes in Spinacia oleracea, and their relationship to sexual dimorphism // Dev. Genes Evol. 215 (3), 132-142 (2005)
- тут дают полный текст:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&query_hl=1&list_uids=15660251

я думаю, этого должно хватить для "отлова" AP3 у гречихи, во вс. случае, Вы
его должны отПЦРить

петров - иванов

точно отловите - в этой статье Pfent et al. еще есть ссылка на RUMEX ACETOZA RaD1 (номер X89113, типа, гомолог) с соотв. публикацией, ряд гвоздичных - ну и все праймеры для Spinacia (правда, фиговые, судя по протоколам...)

петров - иванов

> Я набрел на 2 интересные ссылки в ГенБанке: RAU28483 и RAU28482 (RUMEX (!) CDS , similar
> to ... apetala3 of Arabidopsis thaliana),
> точно отловите - в этой статье Pfent et al. еще есть ссылка на RUMEX ACETOZA RaD1 (номер
> X89113, типа, гомолог) с соотв. публикацией, ряд гвоздичных - ну и все праймеры для Spinacia
>(правда, фиговые, судя по протоколам...)

Э... Если бы так!
Делали мы праймеры на основе этих последовательностей, RaD1 знаем, сами сначала страшно обрадовались, что у такого близкого родственника секвенирован уже этот ген, но не тут-то было.
Не работают праймеры:( Впрочем, после того, как я прочитала про ситуацию с гомологами PI у бобовых (у гороха ген "урезанный", в нём нет PI-мотива, поэтому вытащить по гомологии его не удалось, взяли только гибридизацией), я уже ничему не удивляюсь.
Пока что амплификация удаётся только с сильно вырожденными праймерами, сконструированными на основе множественного выравнивания всех известных гомологов AP3, но ПЦР-продукт гетерогенный, да и секвенирование с вырожденных праймеров — не лучшая идея. Буду клонировать.
Вытащим рано или поздно, так или иначе. Но на Rumex мы зря понадеялись, увы.

*"Буду клонировать"
------------------------------
без клонирования, конечно, не обойтись... Но Вы сделайте ряд внутренних
праймеров (скажем, 1 - 4 экзоны, 4 -7)- и потом попробуйте опустить температуру плавления до 42 - даже 40, при качественной Taq это помогает - но. клонировать. конечно нужно - но я думаю, что это все равно проще, чем "гибридизнацией" ("ужас" какой). Но по Spinaceae статья совсем свежая - т. е. если сделать выравнивание только по кариофилидам - это 100 процентов поможет

> без клонирования, конечно, не обойтись...
C PI и APT1 (аденозин-фосфотрансфераза, контрольный ген для проверки качества и концентрации РНК) обошлись. Хотя Вы правы, это скорее исключение.

> Но по Spinaceae статья совсем свежая - т. е. если сделать выравнивание только по
> кариофилидам - это 100 процентов поможет

С AP3 ситуация не в пример сложнее. Например, ставшее уже общим местом утверждение о том, что AP3 Arabidopsis и DEF львиного зева — ортологи, строго говоря, неверно, как из работ той же Крамер следует: первый — линия eu-AP3, второй — paleo. А что там у гречихи, как знать, вполне может быть, что и не то же самое, что у маревых и гвоздичных.
Впрочем, с AG ситуация ещё хуже,и это при том, что гомолог AG у гречихи вроде бы секвенирован..
Ничего, прорвёмся:)

> потом, праймеры не надо делать "на глаз" - все-таки лучше исп. программу

праймеры надо делать именно "на глаз" — предварительно долго и внимательно смотря на множественное выравнивание, ориентируясь не только на нуклеотидную, но и на аминокислотную последовательность, выбирая для 3'конца максимально консервативные участки... ну и т. д., да Вы и сами это знаете наверняка. А потом, конечно, программы — проверить возможность образования шпилек, димеров, соответствия Т отжига... Так что если Вы это имели в виду, то я полностью согласна, а если просто подсунуть программе типа вот этой (http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer), то нет.

> Ай, просветили...
Ну вот Вы так удивляетесь,что я эти статьи читала, вот и создалось впечатление, что Вы об этом не знаете:) Извините, "раскаиваюсь, раскаиваюсь, прошу дать возможность загладить". ©

> Солтисы - прекрасные ученые
А Вы, случайно, с ними не сотрудничаете?:) Просто интересно, я знаю одного ботаника из МГУ, который уехал к ним работать.
Согласна, что них очень хорошо поставлена работа, много интересных данных, но, как я уже сказала, если кто и идиотизирует АВС-модель, так это они. Нельзя судить о функции гена только по паттерну экспрессии.

> "орган определяется спецификой ген экспресии"
А всё-таки, всё-таки (рискуя снова нарваться на уже прозвучавшие упрёки в дурости) — чем же он определяется, если не ею?

"Хотя Вы правы, это скорее исключение"

PI я также взял без клонирования, но от минимальной неспецифики (я только
по первой хроматограмме понял, что она есть - гель хороший был) удалось избавиться благодаря тому, что я точно подобрал высокую температуру плавления, поиграв с ПЦРным градиентом - так, конечно, не всегда получается

"предварительно долго и внимательно смотря на множественное выравнивание, ориентируясь не только на нуклеотидную, но и на аминокислотную последовательность, выбирая для 3'конца максимально консервативные участки"

это понятно - мерзость - именно мерзость в том, что на глаз Вы не всегда подберете 2 праймера, которые сплавляются в одном диапазоне - т. е. праймер - хороший и консервативный - даже если 3 прайм нормально сидит относительно хода кодонов - может не работать. я недооценивал этого сам - нормальные же программы подбирают нормальный температурный интервал - я уверен, что это серьезная опасность - а так до прошлого года разделял Ваше пренебрежение к программам дизайна - вообще, считал маразмом - а что - "главное, хорошо выровнять". это все не так, на самом деле...

"А что там у гречихи, как знать, вполне может быть, что и не то же самое, что у маревых и гвоздичных"

это все - фигня, пока Вы не попробывали нормальное выравнивание именно
по данной части цветковых - попробуйте "в лоб" сделать, как я сказал - т. е.
временно "начхав" на Крамер и соотв. проблемы - тупо выровняйте все известные кариофилиды (вкл. шавель, шпинат, гвоздику - т. е. то, что есть), сделайте дизайн праймеров по кускам (машиный, если получится, либо на "глаз"), сплавьте все при низкой температуре, клонируйте, секв. - и сделайте BLAST, как положено. это 3-5 дней работы - и не так дорого - я уверен, что Вы поймаеете. Непременно берите щавель и пр. (то, что в выравнивании) в кач. контроля - и еще - гречиха не монотипна - т. е. можно взять несколько видов, если есть свежий материал - с гербарием ничего не выйдет

нет, я не с Солтисами работаю

"чем же он определяется, если не ею?"

А чем определяется ген, экспрессия?

петров -иванов

потом, праймеры не надо делать "на глаз" - все-таки лучше исп. программу