Вывести на экран дерево каталогов в Linux можно следующей командой:

tree -d -R

-d - выводит только каталоги
-R - выводить рекурсивно (т.е. до последнего вложенного каталога)

Если вместо -d использовать параметр -a, команда выведет и все файлы.

Команда начинает работу с текущего каталога.

Для записи в файл достаточно использовать стандартный метод перенаправления, например:

tree -d -R >/tmp/tree.txt

Если вы находитесь в каталоге, скажем /home/user, утилита запишет в файл /tmp/tree.txt все дерево каталогов, начиная с /home/user