Прочёл вопрос и начал нервно смеяться. Не обижайтесь, это не к Вам...

Значить так. Построенные по разным признакам деревья редко сходятся - полностью. То есть в общем случае ВСЕ такие деревья нетождественны. Более того. Разные признаки - это еще цветочки. Методы молекулярных построений победили "традиционную систематику" (у которой были свои проблемы, не безгрешна, чай) под лозунгом "объективности". То есть прежние методы якобы давали неустойивые результаты в зависимости от того. исследователь какого таланта и убеждений работал с данной группой. всё, снесли эту субъективную систематику в прах. Теперь одна объективная. Дерева различаются в зависимости от версии компьютерной программы, наборы выбранных для подсчета опций, учета или неучта тех или иных фитюлек... При этом такой компьютерный вздор обычно не пишут - данные собраны... обработаны... И вот результат. Начнешь проверять - ужаснешься. Проверить очень трудно - надо знать данную группу, собрать подобный материал, все самому просмотреть. потом все подсчитать... Я один раз проделал такую работу. Убедился, что 20% признаков было введено в матрицу англоязычным автором неверно. То ли опечатки, то ли ошибки...

В общем, имеющиеся процедуры по меньшей мере не более однозначны, чем прежние. но поскольку теперь можно не конкурировать и прежних процедур в общем-то нет, то сравнивать не с кем. И теперь это называется - ну конечно: наука не стоит на месте.

Молекулярная систематика побеждает традиционную не столько из-за "объективности", сколько в силу бОльшего количества доступных признаков. У бактерий морфология настолько бедна, что по ней филогению построить нереально. У протистов тоже ультраструктура бедновата, но у них хотя бы пытаются называть крупные группировки по их морфологическим признакам (Alveolata, Opistokonta и т.д.) В систематике беспов за молекулярные методы первыми ухватились нематодчики, опять же потому что видов нематод много, а признаков у них в микроскоп видно мало.

И насчет "представляет собой символ веры" - про горизонтальный перенос и сетчатую эволюцию споров идет сейчас предостаточно, так что Заварзин тут не совсем прав.

Думаю, Вы правы - по поводу признаков. У перечисленных Вами групп - я по ним не специалист, но издали слышал - действительно, с морфологией беда.