Да.

Вот то-то и оно.

А есть какие либо системы классификации организмов, не связанные с деревьями?

Ну то есть чтобы систематика описывалась не деревом (генеалогическим, филогенетическим, и т. д.), а какой нибудь другой структурой?

Сколько знаю, большинство систем таковы - ясно. что для теории графов "газон" небольших побегов и ветвистое дерево в равной степени есть "деревья". Но есть все же и принципиально не-древесные структуры. Существует десятка два попыток для разных групп построить периодические системы - это уже вовсе не дерево. Есть отрывочные и старые иные попытки, что-то вроде организации "всего" в круги из, скажем, 5 членов.

Но все же самой распространенной является иерархическая классификация. естественным образом дающая "древесный" образ филогении.

Если в классификации есть группы, не связанные единством происхождения (Вы приводили примеры), то в общем случае классификация будет описываться графом, содержащим циклы, то есть не будет деревом. Такие взгляды актуальны, или это банально?

Значить так. Подавляющее большинство вменяемых биологов уверено, что жизнь происходила один раз. Иной взгял высказывался ламарком, но это сейчас не очень играет. Так что "большое дерево" - обязательно укоренено одним стволом.

Группы, не связанные единством происхождения, разбирают. Существует сильно распространенное мнение, что нельзя называть таксоном то. что произошло полифилетично. То есть: если завтра будет показано, что птицы произошли двумя стволами. птиц не будет, а будет два разных таксона с иными названиями.

если завтра будет показано, что птицы произошли двумя стволами. птиц не будет, а будет два разных таксона с иными названиями.

Жуть! как представишь!...про птиц-то.Но подход разумен. :-)
Всё-таки, если не "дерево", то тут архаичным креационизмом пахнет...а в такое даже я не могу поверить. :-)

А вот ещё вопрос: может ли быть так, что по анализу разных признаков (ну, например, по сравнению последовательностей разных кусков генетического кода) строятся разные деревья?

То есть насколько однозначны имеющиеся процедуры?

Прочёл вопрос и начал нервно смеяться. Не обижайтесь, это не к Вам...

Значить так. Построенные по разным признакам деревья редко сходятся - полностью. То есть в общем случае ВСЕ такие деревья нетождественны. Более того. Разные признаки - это еще цветочки. Методы молекулярных построений победили "традиционную систематику" (у которой были свои проблемы, не безгрешна, чай) под лозунгом "объективности". То есть прежние методы якобы давали неустойивые результаты в зависимости от того. исследователь какого таланта и убеждений работал с данной группой. всё, снесли эту субъективную систематику в прах. Теперь одна объективная. Дерева различаются в зависимости от версии компьютерной программы, наборы выбранных для подсчета опций, учета или неучта тех или иных фитюлек... При этом такой компьютерный вздор обычно не пишут - данные собраны... обработаны... И вот результат. Начнешь проверять - ужаснешься. Проверить очень трудно - надо знать данную группу, собрать подобный материал, все самому просмотреть. потом все подсчитать... Я один раз проделал такую работу. Убедился, что 20% признаков было введено в матрицу англоязычным автором неверно. То ли опечатки, то ли ошибки...

В общем, имеющиеся процедуры по меньшей мере не более однозначны, чем прежние. но поскольку теперь можно не конкурировать и прежних процедур в общем-то нет, то сравнивать не с кем. И теперь это называется - ну конечно: наука не стоит на месте.

Молекулярная систематика побеждает традиционную не столько из-за "объективности", сколько в силу бОльшего количества доступных признаков. У бактерий морфология настолько бедна, что по ней филогению построить нереально. У протистов тоже ультраструктура бедновата, но у них хотя бы пытаются называть крупные группировки по их морфологическим признакам (Alveolata, Opistokonta и т.д.) В систематике беспов за молекулярные методы первыми ухватились нематодчики, опять же потому что видов нематод много, а признаков у них в микроскоп видно мало.

И насчет "представляет собой символ веры" - про горизонтальный перенос и сетчатую эволюцию споров идет сейчас предостаточно, так что Заварзин тут не совсем прав.

Думаю, Вы правы - по поводу признаков. У перечисленных Вами групп - я по ним не специалист, но издали слышал - действительно, с морфологией беда.

Слово "птица" скорее всего останется, и получится как с костистыми рыбами и хрящевыми рыбами - возникновение параллельное, общего предка-рыбы нет, но мы всё равно говорим "рыбы", а в школьных классификациях к тому же и не делим на два класса. Так будет и с птицами.

Обыденное словоупотребление вообще не зависит от таксономических игр, и говорить мы будем "птица" и "рыба", хотя "рыб" уже нет - там 5 независимых групп. Тут другая проблема, на которую уже натолкнулись историки. А именно: оказывается. очень трудно уходить от языка. Не остается слов. Биологи обходятся латынью, и их группы перестают понимать (черепахи - не рептилии; трудно понять). У историков вылетел базовый словарь - названия социальных групп больше ничему не соответствуют, а "новые" выделы социальной стратификации не обладают "значением". В результате разваливается "воздух", которым, не замечая, дышит наука - воздух общих для людей задач познания. В истории этот развал называется "концом макроисторических концепций", в биологии тоже можно как-то назвать. А когда люди не понимают, и нет слов, чтобы сказать им. чем же занимаются ученые (и ученые тоже этого не понимают) - наука потихоньку приходит к своему концу.

Насчет школы - это верно - но лишь на время. Школа просто отстает. Пройдет время - 30, 50 лет - и новое деление будет проникать в школьные учебники.

Я сейчас думаю, как привести к вменяемому виду википедийную статью "Цепкохвостые обезьяны" (http://ru.wikipedia.org/wiki/Цепкохвостые_обезьяны). При том, что я ни разу не биолог, это кажется затруднительным, но, кажется, тут и биолог бы задумался. Видимо, совсем недавно изменились принципы, в соответствии с которыми распределяли виды широконосых обезьян (со сравнительно-анатомических на кладистические), и вместо двух семейств - Цепкохвостых и Игрунковых - появилось четыре, причём большинство родов цепкохвостых обезьян (уакари, паукообразные обезьяны, ночные обезьяны) были вынесены в отдельные семейства, а все роды игрунковых вошли на правах подсемейств в семейство цепкохвостых (они же Цебидовые). Как я понимаю, все американские обезьяны были цепкохвостыми (функционально), но некоторые из них - близкие родственники капуцинов и беличьих обезьян - дали карликовые формы, которые цепкохвостость утратили. В английской статье всё гораздо благополучнее: семейство там называется Cebidae - по наиболее характерному (?) роду, и никакие цепкие хвосты не упоминаются. А в русской, кажется, определение будет выглядеть так: Цепкохвостые обезьяны (Cebidae) - единственное семейство обезьян Нового Света, большинство представителей которого не имеют цепкого хвоста.

Да, сейчас со многим так. Вся система перестраивается по кладистическим принципам. Исчезают паратаксоны, чтоль привычные... На место отчетливых функциональных признаков приходят другие или их совокупности, которые не так легко внятно сформулировать. Система становится формальнее, строже и несколько менее понятной.

Как жа мы, без птиц-то? :(

Похоже на "хвост есть, а слова нет!"

Разве то, что есть такие существа, которые летают, у которых есть перья, клюв и строение тела похожее, - не важнее того, от кого именно они произошли? Вне зависимости от этого они разве не представляют некоего феномена?

Мы без птиц будем как и сейчас. Рыб уже нет - в таксономическом смысле, а живы мы? И рыбу ловим. Нет рептилий - и ничего. Нет членистоногих, трещат насекомые - а что, нас это заботит? Язык обыденной речи не пострадает. А вот с начным языком - да, проблемы. Тут именно "хвост есть, а..." То, что называется латинским слвоом, все чаще не имеет прямой связи со значением - профессионал помнит наборы таксонов, включаемых в это имя, и признаки. Но помнить объем и содержание понятия и чувствовать значение - немного разные вещи.

Я как-то встречал термин (то ли "птеромимы", то ли "птероморфы", но наверняка ни то ни другое, так как не находится в поисковиках), которым обозначали группу неродственных видов, у которых появлялись в разных сочетаниях признаки будущих птиц.

Такие группы являются объектом исследований (встречал наряду с термином "клада" термин, обозначающий другой тип таксона - "града")?

Про термин - не помню такого. Обычно такие вещи передают суффиксом -ация. То есть артроподизация - приобретение многими неродственными таксонами членистого тела, маммализация - для млекопитающих и т.п. Но авиации в этом смысле нет - говорят об орнитизации.

Града - похожий смысл, но не тот. Это - уровень организации. Соотношения такие: клада - понятно, набор предков и потомков, там еще есть детали, как "резать" эту ветку, но это детали. Града - уровень, которого достигают разные ветви. А то, о чем было выше - это когда пытаются описать, как разные ветки одной клады или даже разных клад выходят на новый уровень организации. Не града - потому что затронутые орнитизацией предки птиц или других таксонов, которые тоже были вовлечены в орнитизацию, еще не достигли уровня организации птиц.