Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2013-03-12 17:11:00
Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
чего только не встретишь
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/gb-2006-7-10-118.pdf

коротко говоря: авторы утверждаю, что два важных процесса в природе недревоподобны, там вообще нельзя нарисовать дерево происхождения - это латеральный транспорт у прокариот и генный перенос среди эндосимбионтов у эукариот, проще говоря - меж митохондрий. Результаты исследования этих процессов придется все же вставить в большую картину эволюции. Авторы так и сяк крутят материал, мучают его и выворачивают, а потом совершают оценку. По их мнению, 99% всех построенных на настоящее время филогенетических деревьев неправильно.
Как хотите, а грустно это слышать

вот так представляют разные группы мнений о том, как шла эволюция. Пять больших групп мнений
Без имени-1

Авторы не успокоились и продолжают свои разоблачения
2006
http://www.pnas.org/content/104/3/870.full
2007
http://intl-rsbl.royalsocietypublishing.org/content/3/2/180.full
2008
http://mbe.oxfordjournals.org/content/25/4/748.full
2009
http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/7/1533.full
2009
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2873007/

Конечно, это не значит, что совсем все неправильно и "эволюции нет" - просто раньше очень уверенно и даже безапелляционно утверждали, что эволюция да, древовидно идет, точно нет горизонтального переноса, ход ее в значительной степени восстановим и т.п. И многие уверенно говорили, что осталось работы лет на 10 - и все, будем все знать о системе всех организмов. Честно-честно, я сам слышал.

А тут все с разных сторон подкатывают - что совсем не так. На работы этих авторов ссылаются сейчас вроде бы в таком тоне, что - вот есть еще такое мнение, крайнее, радикальное. Есть и есть себе. Между тем можно взглянуть и с другой стороны - принятые сейчас на автомате практики мышления об эволюции могут быть вовсе не умеренным и порядочным мейнстримом, а как раз очень радикальными и узкими взглядами, и если представления об этих "взрывах", когда ветви сливаются, а потом оттуда происходит разом много чего - верны, то надо бы отказываться от принятых автоматизмов. Понятийный аппарат не годится, вот ведь какое дело. Мыслить об этом в прежних понятиях - негоже, сами понятия искажают картину.

(Добавить комментарий)


[info]ext_400134@lj
2013-03-12 11:37 (ссылка)
то есть креационизм рулит? или солипсизм?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 11:56 (ссылка)
да что Вы. Ну какой креационизм. Созданы определенные модели. По ним считали-считали, а вот нашлись авторы, которые говорят, что во все модели надо вносить поправки. При чем тут солипсизм

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nomen_nescio@lj
2013-03-12 12:44 (ссылка)
Значит, биологов можно поздравить! Говорят, что когда Макс Планк поступал в аспирантуру, ему сказал один профессор: "Молодой человек, куда вы идёте? Теоретическая физика фактически закончена, остались две небольшие проблемки... Стоит ли вам губить себе карьеру?" Из этих двух небольших проблемок выросла вся физика ХХ века. Так же и здесь: "ничего не понятно" - это же подарок!

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 13:49 (ссылка)
я помню эту историю. нет, думаю, до физики конца 19 века нам еще далеко

(Ответить) (Уровень выше)


[info]tavas@lj
2013-03-12 16:51 (ссылка)
А я это слышал про Эйнштейна

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]dimasmol@lj
2013-03-13 00:42 (ссылка)
Эйнштейн не учился в аспирантуре, он сразу стал доктором ;)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tavas@lj
2013-03-13 05:49 (ссылка)
Про университет, а не про аспиранутру

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]dimasmol@lj
2013-03-13 06:02 (ссылка)
У Альберта и с университетами не сложилось, а вот история с разговором Планка и профессора Филиппа Жолли вошла в аналы :)

(Ответить) (Уровень выше)


[info]am_tiger_a@lj
2013-03-12 13:13 (ссылка)
> Авторы так и сяк крутят материал

Прочитал как написали, но на уровне подсознания тут же всплыло, а может всё-таки "курят"?...

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 13:49 (ссылка)
у нас ни-ни. Только спирт

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivannikov_ru@lj
2013-03-12 13:35 (ссылка)
Это же замечательно!
А то молекулярные генетики совсем расшалились.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 13:50 (ссылка)
Пора унять, как говорили о Буонапарте

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaktus77@lj
2013-03-12 13:41 (ссылка)
== сами понятия искажают картину

Вы полагаете, что бывает по другому? :)

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 13:50 (ссылка)
Вы не поверите...
Скажите, что это за картина, которая вне понятий? Где такая?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]visokosgod@lj
2013-03-12 13:53 (ссылка)
а если мир вне картины?
понятий вне?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-12 14:37 (ссылка)
думаю, если вы внимательно относитесь к говоримому, Вам должно быть ясно. что мира вне понятий нет. Мир - это вполне определенное понятие. Если Вы захотите спросить этот смысл, но строже относиться к словам, Вам придется мычать и гукать. Вне понятий мира нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fat_crocodile@lj
2013-03-12 15:07 (ссылка)
понятно, что о нём невозможно говорить терминами.
но вот чтобы совсем нет? почему?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]visokosgod@lj
2013-03-12 15:44 (ссылка)
смысл тоже слово.
слово тоже слово.
слово тоже буквы.
буквы тоже пиксели.
пиксели тоже экран.
экран то что я вижу.
воздух я вижу?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fat_crocodile@lj
2013-03-12 15:57 (ссылка)
воздух это слово

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]visokosgod@lj
2013-03-12 16:07 (ссылка)
поэтому я хочу видеть.
больше.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]visokosgod@lj
2013-03-12 15:45 (ссылка)
как мило.
прогуляться с умным человеком по его камере.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]a_n_d_r_u_s_h_a@lj
2013-03-12 16:21 (ссылка)
Ну допёрло до беологов, ура!

Блин "ученые" хуже дилетантов.
Открыли Австралию, понимаешь!
Сушествование Австралии, конечно же, отлично подтверждает вертикальную искрючительно эволюцию, ага.

Чё меня удивляет - эт что ж гомосексуалисты-то пока к энтому направлению не подключились?
Тогда б обоснование было - горизонтальный перенос, понимаешь, генетической информации.
Причем исключительно полезной и приспособленческого, вариативного, характера через многосексуала в цепочке.
А гранты какие, а известность, а пкакая пропагандисткая мощь!
Видат неспособны они к науке, вот беда.

И опять же телегония (http://okofinista.ru/nauka_telegoniya_1.html) наконец получит достойное место в науке.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-13 02:34 (ссылка)
Я очень рад, что до Вас доперло раньше, чем до биологов. Но нахожусь в рассуждении - отчего бы Вам не ходить куда-нибудь еще выражать свои восторги?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]a_n_d_r_u_s_h_a@lj
2013-03-13 03:57 (ссылка)
Да понятно, напыщенные жлобы от науки так себя ведут и в научном мире.
То они новые болезни открывают, которые потом из МКБ убирать приходится, то с "бредовой" идеей не пробиться, ибо не в тренде.
Вон бедняга Вегенер с 1912 до 1960 года "научной общественности", тридцать лет после смерти, доказывал вполне очевидное, а они только смеялись.

Не буду комментировать, чо.
Жизь она как-то мимо ученых идет своим чередом, независимо.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]idvik@lj
2013-03-12 16:45 (ссылка)
Это же атака на догмат, я смотрю, как защищают догматы умные теологи и понимаю, что в принципе, ничего серьезного догмату не грозит.
Потому, что понятия в прямом смысле дело растяжимое.
И инерция и много еще, что работает.
Так что мне думается не понятия нужно менять, а нужен уровень мышление более высокий, который должен найти выражение в плодотворном сильном и широком обобщении.
И хотя я не люблю все эти разговоры о принципе дополнительности, слишком часто они маскируют растерянность , беспомощность, а то и откровенное жульничество.
Но почему в этом случае не использовать его как познавательный прием, презумцию.
И подумать, а что можно по этому принципу противопоставить вот всем этим красивым деревам.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]tavas@lj
2013-03-12 16:52 (ссылка)
А причем тут теологи?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2013-03-12 17:23 (ссылка)
В религии есть догматы, они особенно в новое время подвергаются критическим нападкам и переосмыслению,
согласно догматам мыслят очень большое количество людей, и сделаны они крепко, иначе бы давно развалились.
Так скажем общепринятые, основные способы мыслить некоторые вещи, и вот можно смотреть как защищаются от критики от фактов от чего угодно, скажем так можно увидеть аналогию, видно же как по разному, можно мыслить эти древовидные структуры, скажем так сколько не указывай на не адекватность понятий выкрутятся, никакой набор фактов так просто сильную теорию не опрокинет слишком много на ней висит и не из корысти и косности, а потому, что очень много чего объясняет и очень много с чем органически связано.

Так если постоянно будет нарушаться закон тяготения, ему это мало повредит, хоть пять тысяч научно подтвержденных случаев набери.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tavas@lj
2013-03-12 17:50 (ссылка)
Ну да в религии есть. Но зачем из науки делать религию?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2013-03-12 18:05 (ссылка)
История позитивизма,
и была такая попытка превратить науку в религию, остаточных явлений много.
Не знаю социальные институты, способы и стратегии познания мира, претерпевают похожие искажения, что в религии, что в науке.
Или скажем так и в религии полно свободных рациональных размышлений и в науке много догматизма и предрассудков.
Как я понимаю этот пост в частности об этом.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tavas@lj
2013-03-12 18:26 (ссылка)
Да уж. Мне, как священнослужителю это известно. И я против такой фигни в науке.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]gnevnyj@lj
2013-03-12 18:16 (ссылка)
Удивительно, что такую понятную вещь приходится так активно и с сопротивлением продвигать в массы. Все же, мейнстримные молекулярщики в который раз поражают своей упертостью и уверенностью в собственной правоте.
Радует, однако, что высших представителей царств это не сильно касается. Там древеса адекватны.

(Ответить)


[info]a_marko@lj
2013-03-12 18:47 (ссылка)
По их мнению, 99% всех построенных на настоящее время филогенетических деревьев неправильно.

99% деревьев или деревьев для 99% видов? Что-то мне кажется, что вся эта байда актуальна только для бактерий и протист. Вот когда откроют реальный горизонтальный перенос функциональных генов у животных - тогда это будет круто. Ну а то, что у одноклеточных все не в порядке, уже и так давно понятно.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]meloco_go@lj
2013-03-13 11:29 (ссылка)
тоже так подумалось

(Ответить) (Уровень выше)


[info]termometr@lj
2013-03-13 05:03 (ссылка)
Image


...
И это вполне нормально. Для природы. Конечная цель паразита - это птичка, которая должна съесть лягушку. Уродование своих промежуточных хозяев - а лягушки являются промежуточными хозяевами червячка - это обычная стратегия выживания и размножения.


via http://flavorchemist.livejournal.com/156431.html#cutid1

"паразитарный мутагенез " ?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-13 21:20 (ссылка)
"паразитарный мутагенез " ?
Простите, а при чем тут мутагенез? Вы полагаете, что это не морфоз, а мутация?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-14 05:13 (ссылка)
я в этих лягушкиных делах мало разбираюсь, но, по-моему, там лапы выросли. был похожий анек.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-14 07:48 (ссылка)
Это дела столь же лягушиные, сколь мушиные, человеческие или сосновые. Лишние лапы там несомненно выросли. Вопрос в том, произошло ли при этом что-нибудь с лягушачьими генами.

Так вот, насколько я понял г-на Циммера - нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-14 08:30 (ссылка)
Вы допускаете, что подобные изменения формы могут происходить без участия генов?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-14 09:23 (ссылка)
Ну, насчет "без участия" - вопрос казуистический. А вот что это может происходить без изменения генов - это такой широко известный факт. Именно этим морфозы и отличаются от мутаций (точнее, от последствий мутаций).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-14 10:30 (ссылка)
Интересно. т.е. нет даже обратимых изменений генов? Что же управляет процессом?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-14 13:04 (ссылка)
надо ж. я думал, это ясно. - Ваш собеседник прав, насколько я понимаю. это, конечно, не мутация. на этом примере надо смотреть именно на вопрос, который у вас возник. пока не будет ясно, кто же управляет процессом - вы просо совсем не понимаете, что такое гены

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-14 14:00 (ссылка)
неужели червяк внутри? вот паразит!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-14 22:43 (ссылка)
нет даже обратимых изменений генов?
Простите, но вот тут уже я не понимаю. Что такое "обратимые изменения генов"? "Работает" - "молчит"? Или что-то другое?

Что же управляет процессом?
Вероятно, то же, что и обычным морфогенезом: какие-то сигнальные вещества. Только часть их выделяется не собственными клетками эмбриона, а паразитом. Соответственно эти вещества присутствуют не там, не тогда, не в тех концентрациях и т. д., как это было бы при нормальном развитии.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-15 06:29 (ссылка)
т.е. структура генов не нарушается, а порожденный ими процесс меняется?

а не знаете, от такого вмешательства всегда лапы дополнительные растут у лягушек или произвольные уродства?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-15 16:39 (ссылка)
т.е. структура генов не нарушается, а порожденный ими процесс меняется?
А что, собственно, в этом такого? Грубо говоря, передатчик посылает сигналы. Если откуда-то еще будут приходить сигналы, искажающие или модулирующие первоначальный, поведение принимающего устройства будет иным, хотя генератор не изменился.

У такого рода паразитов есть разные способы воздействия, но, насколько мне известно, ни один из них не предусматривает изменения генов хозяина. Это ж нужно найти нужный ген в нужной клетке и строго определенным образом изменить его. А гены - они же все на одно лицо, как тексты, написанные неизвестным вам алфавитом. Чтобы их различать, надо воспринимать смысл написанного, т. е. иметь огромный дешифровальный аппарат. Зачем это паразиту? Проще вмешаться на промежуточных уровнях.

а не знаете, от такого вмешательства всегда лапы дополнительные растут у лягушек или произвольные уродства?
Я первоисточник читал невнимательно, но насколько я понимаю, данный конкретный паразит отращивает именно лишние ноги.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2013-03-15 17:50 (ссылка)
я вот слышал, что пол крокодилов определяет температура в кладке яиц.
действительно, почему бы каким-то экскрементам глиста не влиять на количество лягушачьих лап? забавно. спасибо.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-15 21:04 (ссылка)
На здоровье.

У этого Циммера, из которого Флейворкемист взял лягушечку, есть целая книжка про то, что паразиты проделывают с хозяевами. По-русски называется, кажется, "Паразиты: тайный мир" (оригинальное название переводится скорее как "Царь Паразит", но, видимо, издатели убоялись 282-й статьи :-)). Почитайте, там много замечательных сюжетов. Особенно про токсоплазму.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaktus77@lj
2013-03-13 12:20 (ссылка)
== сами понятия искажают картину

Вы полагаете, что бывает по другому? :)

(Ответить)


[info]dvoenas@lj
2013-03-14 16:23 (ссылка)
Мне тоже показалось, что это не относится к митохондриальной ДНК Metazoa.

(Ответить)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-14 22:49 (ссылка)
Простите, я не вполне понял из изложенного: деревья невозможно построить для видов (ну или целых геномов)? Или для отдельных генов/генных семейств их тоже невозможно построить?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-15 14:35 (ссылка)
Вроде речь о целых. Для отдельных, кажется, можно. Но тут дело клонится к тому, что ген.анализ уходит на неск. уровней ниже организма. Такая общность. как вид. организм - это уже слишком грубо, это уже пул разных линий. Вроде бы так получается.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-15 16:03 (ссылка)
Ага, спасибо, я так и понял, но не был уверен, что правильно.

Собственно, смутило-то меня именно то, что если речь именно о целых геномах, то тут волноваться... ну не то что не из-за чего, но уже несколько поздновато. Это должно было быть ясно еще тогда, когда убедились, что у прокариот горизонтальный перенос - явление не случайное или экстремальное, а штатное. Как только у нас интенсивность такого переноса становится сопоставима (всего лишь сопоставима) с интенсивностью "вертикального" - все, прощай дерево, здравствуй, гадюка семибатюшная!

А сейчас, по моим впечатлениям, применительно к этим группам действительно все больше работают с филогенией отдельных последовательностей. С ними (пока?) все хорошо - где бы гомолог того или иного гена не вылез, дерево всегда можно построить.

Забавно было бы представить, как бы это выглядело применительно, скажем, к эволюционной морфологии позвоночных. Отдельное дерево для конечностей, отдельное - для кровеносной системы...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2013-03-15 16:10 (ссылка)
Это ведь вещи более чем классические. Любой морфолог знает. что ряд. построенный по одной группе признаков, будет противоречить ряду по другой группе. Генетики об этом не говорили в силу самогипноза - будто у них в руках ключ к истинной филогении, такого у них быть н может. Меж тем ясно. что гены - всего лишь признаки, и с ними ровно те же проблемы. что с любой другой группой признаков. зоология опустилась на очень глубокий, элементарный уровень, но проблематика та же. Конечно, деревья противоречат - и к началу Хх века стали все более системно решать. что же делать в таких случаях. К сожалению, сейчас, как я вижу, чаще встречаются решения простые до глупости - верным считается последнее опубликованное дерево. Но надо честно сказать. что окончательного решения не было найдено и для макроморфологии - были лишь частные представления, как это может быть решено.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2013-03-15 19:56 (ссылка)
Любой морфолог знает. что ряд. построенный по одной группе признаков, будет противоречить ряду по другой группе
Конечно. Но там шли споры о том, чье дерево истинное - в смысле, чье вернее отражает истинную филогению данного таксона. Ситуации, когда все противоречащие друг другу деревья будут одинаково истинными, классические морфологи и в страшном сне не видели. А сейчас в систематике прокариот это реальность, и ей даже уже не очень удивляются.

(Ответить) (Уровень выше)