Я до этого момента считал, что принадлежность к одному и тому же виду для двух организмов определяется их способностью давать жизнеспособное потомство, принадлежащее тому же виду (как-то рекурсивно получилось%)) Но гугл сказал, что важным признаком принадлежности к одному виду является наличие общего предка.
В таком случае бактерии, созданные чисто искусственным путем, не принадлежат к тому же виду, что и "естественные" бактерии. Однако, если искусственные бактерии идентичный с "естественными" геном, то они будут давать потомство, также имеющее идентичный с "естественными" бактериями геном. Очевидно, что используемая модель (определение вида), опирающаяся на наличие общего предка, неадекватна реальности, в которой возможно искусственное создание живых организмов. И эту модель нужно каким-то образом менять.

Ох, проблема вида - одна из центральных в биологии, и у гугла ее так просто не узнать. Надо много-много всяких ее аспектов знать, чтобы понять, что она есть :) начать можно с учебников хотя бы вузовского уровня и сборников по проблеме.

Я сейчас еретическую вещь скажу.
Для того, чтобы осознать "проблему вида в биологии", можно не только учебники не читать - но и в биологии не разбираться чуть менее чем совсем. Потому что проблема эта представляет собой частный случай проблемы классификации - когда имеется некоторое множество элементов, обладающих определенным набором признаков - и требуется это множество разделить на [изолированные] подмножества. Собственно, существует даже достаточно большое количество алгоритмов, такое разделение производящих. Проблема только в том, что нет одного алгоритма, который давал бы одинаково хороший результат на любом наборе входных данных.
Вот, сама по себе проблема (ее формулировка) достаточно проста. Вот решить ее - это уже вопрос сложный.

Я уверен, что описание биологического разнообразия как "множество элементов, обладающих определенным набором признаков" не адекватно, т.к.
1. нет никакого априори определённого множества, невозможно сформулировать определения ни для объектов, ни для явлений живого.
2. элементы никак не выделены, не определены, не разграничены один от другого и не поддаются обобщённым определениям.
3. никакого определённого набора признаков, характеризовавших бы хотя бы очень небольшую часть живого просто нет.
4. само по себе понятие "признак" к живому практически не приложимо, невозможно установить что является признаком, а что нет, где заканчивается один признак и начинается другой признак, какие признаки существенны для познания живого, а какие не существенны.

Собственно поэтому проблема в общем виде даже не поставлена до сих пор, какие уж там алгоритмы, биологи до сих пор не осознали чего же они собственно хотят знать о живом :)))

С частью тезисов соглашусь, с частью - нет.
Никакого априори определенного множества организмов действительно нет - организмы все время рождаются и умирают (даже вне рамок видообразования). Но концептуальной проблемы тут нет - из этого просто следует, что искомый алгоритм классификации должен быть потоковым (http://en.wikipedia.org/wiki/Streaming_algorithm)
Насчет выделения элементов - в _некоторых_ случаях действительно сложно отделить один элемент от другого. Но это не проблема определения вида - это проблема определения организма (http://ivanov-petrov.livejournal.com/1682551.html)

никакого определённого набора признаков, характеризовавших бы хотя бы очень небольшую часть живого просто нет.
я сильно подозреваю (но это только мое мнение), что такой набор есть, и называется он - "геном")

само по себе понятие "признак" к живому практически не приложимо, невозможно установить что является признаком, а что нет, где заканчивается один признак и начинается другой признак, какие признаки существенны для познания живого, а какие не существенны.
Ну, поскольку геном дискретен и конечен, то конечно и теоретически возможное кол-во признаков. Тут конечно есть возможная проблема, заключающаяся в том, что для определения степени родства организмов (а именно для этого и производится выделение видов) генома может оказаться недостаточно.

Ну, поскольку геном дискретен и конечен, то конечно и теоретически возможное кол-во признаков.

Вашими бы устами... попробуйте свой тезисъ примѣнить къ текстамъ на естественномъ языкѣ. Или къ кускамъ скомпилированнаго кода, написаннаго для рѣшенiя неизвѣстныхъ Вамъ задачъ.

Тутъ пониже молбiологъ пишетъ:

Пусть два генома отличаются одним снипом - но в одном случае это синонимическая замена, а в другом - нарушение связывания важного регуляторного белка и, как следствие, выбивание целого регуляторного пути, с соответствующим изменением фенотипа. Один вид или разные? А есть еще эпигенетика, там вообще ого... Вот поэтому мой подход - в настоящее время неформализуемо, так что и заниматься этим неинтересно.

Причёмъ, въ силу своихъ профессiональныхъ деформацiй, онъ видитъ только хвостикъ проблемы - тотъ, который ещё какъ-то формулируется въ привычныхъ терминахъ его области.

попробуйте свой тезисъ примѣнить къ текстамъ на естественномъ языкѣ. Или къ кускамъ скомпилированнаго кода, написаннаго для рѣшенiя неизвѣстныхъ Вамъ задачъ.
Если язык, на котором написан код, известен - то перед нами довольно обычная задача "reverse engineering". И?

Тутъ пониже молбiологъ пишетъ:
Молбиолог констатирует тот факт, что в настоящее время адекватного определения вида не существует. Ну, его и автор поста констатирует. И что?

Тут надо осознавать - никакого "естественного" разделения на виды не существует, это всего лишь модель, которую биологи придумали для своего удобства. Поэтому надо сначала понять, для чего именно нам нужна эта модель (разделение организмов на виды) и какую форму она должна иметь. А потом уже искать определение.
Вот, например - организмы A и B принадлежат к одному виду. Организмы B и C принадлежат к одному виду. Вопрос - принадлежат ли к одному виду организмы A и C?

Если язык, на котором написан код, известен - то перед нами довольно обычная задача "reverse engineering". И?

Ну, допустимъ, какъ-то извѣстенъ. Скажемъ, извѣстно, что тамъ захардкожено ровно двадцать коммандъ, и выше всё лѣпится изъ нихъ. А дальше тамъ, какъ обычно, сплошь ссылки на библiотеки, причёмъ выковырять изъ кода каждую ссылку - изрядный гемроррой. Чаще всего - на что-нибудь стандартное и повторяющееся, типа библiотекъ для управленiя стандартными девайсами, которыя, въ томъ числѣ, умѣютъ клепать детали къ такимъ же или другимъ девайсамъ, а ещё для отрисовки потоковаго видео или машиннаго перевода то съ тагальскаго на суахили, то съ амхарскаго на квакiутль, а также варки кофе. Для чего эти программы въ конечномъ счётѣ - точно неизвѣстно, извѣстно только, что онѣ всегда включаютъ модуль для инсталляцiи себя на нѣкiй классъ платформъ подъ названiемъ "реальный мiръ", но кромѣ копированiя себя, онѣ ещё много чего дѣлаютъ, иногда переписываютъ подъ собой драйверы и даже немножко шьютъ. И что? Классифицировать-то это какъ?

Да, и если считать годной концепцiю "версiи" (которую мы тутъ обсуждаемъ), то версiй типа десятки миллiоновъ, а вообще-то въ каждой коробкѣ сборка бываетъ немножко другой.

Молбиолог констатирует тот факт, что в настоящее время адекватного определения вида не существует. Ну, его и автор поста констатирует.

Видимо, изъ процитированнаго куска Вы прочли только послѣднюю фразу. Она какъ разъ не особо информативна.

Тут надо осознавать - никакого "естественного" разделения на виды не существует, это всего лишь модель, которую биологи придумали для своего удобства.

Къ сожаленiю, безъ неё дѣствительно очень неудобно. Примѣрно какъ ѣздить безъ руля (если не на тракторѣ).

Поэтому надо сначала понять, для чего именно нам нужна эта модель (разделение организмов на виды) и какую форму она должна иметь. А потом уже искать определение.

Спасибо, кэпъ! А мужики-то и не знали :)

Не понял, вы серьёзно считаете элементами организмы? Или это ирония?
Насчёт генома тоже шутка?
Не понял насчёт дискретности генома, Вселенная (пространственно-временной континуум по представлениям квантовой физики) тоже дискретна и что, количество признаков во Вселенной серьёзно ограничено?
"генома может оказаться недостаточно" :))) шутка года! :))) настоящий английский юмор! :)))
Спасибо! Давно так классно не хохотал!

Не понял, вы серьёзно считаете элементами организмы?
А вы нет? Задача-то стоит - "определить, принадлежат ли данные два представителя собачьих к одному виду". Или я неправильно понимаю цель, ради которой собственно и пытаются найти определение вида?

Не понял насчёт дискретности генома, Вселенная (пространственно-временной континуум по представлениям квантовой физики) тоже дискретна и что, количество признаков во Вселенной серьёзно ограничено?
Геном, в отличие от Вселенной (которая, кстати, не факт что дискретна - это пока что одна из гипотез) не только дискретен, но и _конечен_

"генома может оказаться недостаточно"
а что не так? скажем, надписи синим цветом "не забуду мать родную!" на шкуре некоторых представителей гоминидов - они в их ДНК не содержатся.

"А вы нет?"
- А я нет.
"Или я неправильно понимаю цель, ради которой собственно и пытаются найти определение вида?"
- Вот именно!
"определить, принадлежат ли данные два представителя собачьих к одному виду"
- К чему, к чему принадлежат? К одному виду? К какому именно виду, в чьём понимании виду? Вид виду - рознь, в понимании Павлинова они могут не принадлежать к одному виду, в понимании Завадского принадлежать, в понимании Гранта не принадлежать, в понимании Майра принадлежать, в понимании Тимофеева-Ресовского не принадлежать... и так далее, ограничено это разнообразие мнений может быть разве что размерами численности человечества, либо видовая категория таки будет объективирована с теоретических позиций. Есть и третий путь, принятие общеофициального консенсусного мнения большинства в виде Кодекса номенклатуры на Международном зоологическом/ботаническом конгрессе путём голосования. Примерно так выходили из положения в средние века богословы, голосованием решавшие что является Священным Предметом Веры на Святейших Вселенских Соборах Святой Церкви. Но мы-то пытаемся наукой заниматься, а не богословием, поэтому такой путь не может удовлетворять, поэтому дискуссия по вопросу "что есть вид?" имеет вполне рациональные научные основания, это не просто схоластика!

"генома может оказаться недостаточно"
- Да, всё так, это очень мягко сказано :) Если выразить образно, то это примерно то же самое, что "для классификации различных фотографий в фотошопе знаний об архитектуре микросхем на видеокарте в компьютере, на котором этот фотошоп работает, может оказаться недостаточно" :)))

А я нет.
А что Вы считаете в таком случае элементами? Какое, собственно, множество Вы рассматриваете в данном контексте?

"Или я неправильно понимаю цель, ради которой собственно и пытаются найти определение вида?"
- Вот именно!
И эта цель, по-Вашему, состоит в...?

К чему, к чему принадлежат? К одному виду? К какому именно виду, в чьём понимании виду? Вид виду - рознь, в понимании Павлинова они могут не принадлежать к одному виду, в понимании Завадского принадлежать, в понимании Гранта не принадлежать, в понимании Майра принадлежать, в понимании Тимофеева-Ресовского не принадлежать...
Вы так написали, как будто в этом есть что-то плохое. Различные классификационные алгоритмы дают различные разбиения, совершенно нормальная ситуация.

Но мы-то пытаемся наукой заниматься, а не богословием, поэтому такой путь не может удовлетворять, поэтому дискуссия по вопросу "что есть вид?" имеет вполне рациональные научные основания, это не просто схоластика!
Дискуссия по вопросу "что есть вид?" без ответа на вопрос "какова цель определения вида?" как раз схоластика и есть. Потому что, как я уже говорил, естесстенного (или объективного) разбиения на виды не существует - вид это не более чем модель, принятая биологами для решения каких-то задач. И в этом плане, кстати, принятие общеофициального консенсусного мнения большинства не самый плохой выход.

а, всё так, это очень мягко сказано :) Если выразить образно, то это примерно то же самое, что "для классификации различных фотографий в фотошопе знаний об архитектуре микросхем на видеокарте в компьютере, на котором этот фотошоп работает, может оказаться недостаточно"
Это какая-то очень странная аналогия - генотип к классификации видов имеет очень сильное отношение, в то время как архитектура микросхем видеокарты к классификации фотографий - очень слабое.

А я нет.
Выше я уже написал, что никакое множество не рассматриваю, поскольку считаю такую математическую модель совершенно не адекватной исследуемому явлению, соответственно организмы не имеет смысла считать элементами видов, как не имеет смысла считать тёплое мягким.

И эта цель состоит в адекватном понимании феномена биологического разнообразия.

Ситуация нормальная, если не претендовать на единство введёной в научный оборот информации. Проблема в том, что такая ситуация, мягко говоря, неудобна для изучения биоразнообразия и использования получаемых знаний в практике народного хозяйства :)))

По вопросу цели я с вами согласен, а вот насчёт голосования как способа научного познания природы - это оксюморон :)

С чего вы взяли, что генотип имеет какое-то необыкновенно сильное отношение к классификации видов? Допустим, отсеквенированы генотипы всех живых существ на Земле и что? Это как-то поможет решить проблему видов? Или позволит дотла познать биологическое разнообразие? С тем же успехом можно ожидать познание мировой культуры и решения проблемы этногенеза от создания всеязыкового словаря, содержащего словарный запас всех языков всех народов. С тем же успехом можно ожидать познания интернет-контента по перехваченным в кабеле потокам нулей и единичек. Одно с другим безусловно связано, как мягкое бывает тёплым, но научное познание идёт другим путём :)))

"генома может оказаться недостаточно"
а что не так?

Ну я же Вамъ выше предложилъ. Попробуйте такъ поклассифицировать что-нибудь другое, типа текстовъ. Тамъ тоже всё изъ дискретныхъ буковокъ, и длина небезконечная. И даже какiя-то рѣшенiя уже пробовали, можно почитать, что не вышло.

Можно попробовать такой подход:
берем корпус текстов, выделяем полный список используемых в этих текстах слов
затем для каждого текста вычисляем вектор частот слов (т.е., как часто каждое слово из списка используется в каждом конкретном тексте)
далее на получившийся набор векторов натравливаем один из указанных алгоритмов кластерного анализа
и есть предположение, что получившееся в результате разбиение будет хорошо коррелировать с разбиением этих текстов по авторам.

Но я понял Вашу мысль - для разбиения текстов, например, по жанрам такой фокус вряд ли сработает - тут уже надо будет как-то учитывать смысловое содержание текста. Но это не значит, что нельзя придумать еще какой-нибудь фокус, это содержание учитывающее.

Потому что проблема эта представляет собой частный случай проблемы классификации [...]

Не совсѣмъ. Грубо говоря, въ бiологiи утверждается, что въ iерархiи категорiй есть выдѣленный уровень съ особыми свойствами.

Собственно, существует даже достаточно большое количество алгоритмов, такое разделение производящих.

И Вы можете указать на парочку реально работающихъ? (Я серьёзно спрашиваю.)

И Вы можете указать на парочку реально работающихъ? (Я серьёзно спрашиваю.)
ну, например:
раз (http://ru.wikipedia.org/wiki/EM-%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC), два (http://habrahabr.ru/blogs/algorithm/124978/), три (http://en.wikipedia.org/wiki/Least_squares_support_vector_machine)

Ой.

Ну ладно.

Не понятно только какое отношение эти математические модели имеют к проблеме вида?

есть мнение, что проблему вида можно свести к одной из таких математических моделей

"есть мнение"
- Шукати те, чого тільки немає у світі на нашу бідну голову, мало яких дурнiв нема у свiтi...
:)))