Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет Misha Verbitsky ([info]tiphareth)
@ 2020-05-28 23:02:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Настроение: sick
Музыка:Kraftwerk - Das Model Live 1982
Entry tags:covid

as buggy as Kenya
Офигенно
https://github.com/mrc-ide/covid-sim
https://streetwiseprofessor.com/code-violation-other-than-that-how-was-the-play-mrs-lincoln/
https://lockdownsceptics.org/code-review-of-fergusons-model/
Математический биолог Нил Фергюсон из Империала больше
всего прославился тем, что на каждую эпидемию
выдавал прогнозы, которые были преувеличены,
самое малое, в 20 раз. Так, например, он предсказал
массовый мор от свиного гриппа в 2009-м, с 60,000
жертвами, и требовал карантина. В реальности
от свиного гриппа погибло 457 человек.

В феврале-марте этого профессора выдвинули
главным экспертом по ковиду от людей с хорошими твиттерами
из The Guardian и Financial Times. Британскому правительству
пришлось через нехочу последовать его указаниям,
то есть тотальному локдауну, с потешными
полицейскими гонками за одинокими прохожими.

О качестве его модели по ковиду легко судить, потому
что Фергюсон предсказал 40,000 смертей от ковида
в Швеции к 1 маю, и 100,000 к июню; реальный
график шведской смертности от ковида выглядит так



и суммарно там будет, видимо, не больше 7000
человек (сейчас 4266).

Что самое смешное, до недавнего времени
сама модель была не опубликована, то есть
исходники программы оставались секретными.
Месяца 2 или 3 Фергюсону выкручивали руки,
требуя публикации, а он отплевывался, но
недавно таки нанял каких-то программеров
из Микрософта, они почистили, улучшили и
выложили его поделие на гитхаб:
https://github.com/mrc-ide/covid-sim/
Немедленно оказалось, что в программе
ошибка на ошибке сидит и погоняет ошибкой же.

Борцы с ковидобесием сей код разобрали,
тыкают в него пальцем и смеются:

https://streetwiseprofessor.com/code-violation-other-than-that-how-was-the-play-mrs-lincoln/
https://lockdownsceptics.org/code-review-of-fergusons-model/
https://lockdownsceptics.org/second-analysis-of-fergusons-model/
https://lockdownsceptics.org/how-convincing-is-imperial-colleges-covid-19-model/
https://twitter.com/SteveBakerHW/status/1258165810629087232
https://www.whatdotheyknow.com/request/software_code_used_for_the_covid
https://www.reddit.com/r/LockdownSkepticism/comments/gesrvr/code_review_of_fergusons_model/

The code that was reviewed in the first-linked article

. . . had been cleaned up! It's not the actual code used
to make the original predictions. Instead, people from
Microsoft spent a month trying to fix it-and it was still
as buggy as Kenya.

The code was originally in C, and then upgraded to
C++. Well, it could be worse. It could have been Cobol or
Fortran-though one of those reviewing the code suggested:
"Much of the code consists of formulas for which no
purpose is given. John Carmack (a legendary video-game
programmer) surmised that some of the code might have been
automatically translated from FORTRAN some years ago."

All in all, this appears to be the epitome of bad modeling
and coding practice. Code that grew like weeds over
years. Code lacking adequate documentation and version
control. Code based on overcomplicated and essentially
untestable models.

But it gets even better! The leader of the Imperial team,
the aforementioned Ferguson, was caught with his pants
down-literally-canoodling with his (married) girlfriend in
violation of the lockdown rules for which HE was largely
responsible.

The model. What it's doing is best described as "SimCity

without the graphics". It attempts to simulate households,
schools, offices, people and their movements, etc. I won't
go further into the underlying assumptions, since that's
well explored elsewhere.

Non-deterministic outputs. Due to bugs, the code can
produce very different results given identical
inputs. They routinely act as if this is unimportant.

The documentation says:

The model is stochastic. Multiple runs with different
seeds should be undertaken to see average behaviour.

"Stochastic" is just a scientific-sounding word for
"random". That's not a problem if the randomness is
intentional pseudo-randomness, i.e. the randomness is
derived from a starting "seed" which is iterated to
produce the random numbers. Such randomness is often used
in Monte Carlo techniques. It's safe because the seed can
be recorded and the same (pseudo-)random numbers produced
from it in future.

Investigation reveals the truth: the code produces
critically different results, even for identical starting
seeds and parameters.

I'll illustrate with a few bugs. In issue 116 a UK "red
team" at Edinburgh University reports that they tried to
use a mode that stores data tables in a more efficient
format for faster loading, and discovered - to their
surprise - that the resulting predictions varied by around
80,000 deaths after 80 days

That mode doesn't change anything about the world being
simulated, so this was obviously a bug.

Imperial advised Edinburgh that the problem goes away if
you run the model in single-threaded mode, like they
do. This means they suggest using only a single CPU core
rather than the many cores that any video game would
successfully use. For a simulation of a country, using
only a single CPU core is obviously a dire problem - as
far from supercomputing as you can get. Nonetheless,
that's how Imperial use the code: they know it breaks when
they try to run it faster. It's clear from reading the
code that in 2014 Imperial tried to make the code use
multiple CPUs to speed it up, but never made it work
reliably. Results that randomly change from run to run are
a common consequence of thread-safety bugs. More
colloquially, these are known as "Heisenbugs".

But Edinburgh came back and reported that - even in
single-threaded mode - they still see the problem. So
Imperial's understanding of the issue is wrong. Finally,
Imperial admit there's a bug by referencing a code change
they've made that fixes it. The explanation given is "It
looks like historically the second pair of seeds had been
used at this point, to make the runs identical regardless
of how the network was made, but that this had been
changed when seed-resetting was implemented". In other
words, in the process of changing the model they made it
non-replicable and never noticed.

Why didn't they notice? Because their code is so deeply
riddled with similar bugs and they struggled so much to
fix them that they got into the habit of simply averaging
the results of multiple runs to cover it up... and
eventually this behaviour became normalised within the
team.

In issue #30, someone reports that the model produces
different outputs depending on what kind of computer it's
run on (regardless of the number of CPUs). Again, the
explanation is that although this new problem "will just
add to the issues" ... "This isn't a problem running the
model in full as it is stochastic anyway".

Undocumented equations. Much of the code consists of
formulas for which no purpose is given. John Carmack (a
legendary video-game programmer) surmised that some of the
code might have been automatically translated from FORTRAN
some years ago.

For example, on line 510 of SetupModel.cpp there is a loop
over all the "places" the simulation knows about. This
code appears to be trying to calculate R0 for
"places". Hotels are excluded during this pass, without
explanation.

Continuing development. Despite being aware of the severe
problems in their code that they "haven't had time" to
fix, the Imperial team continue to add new features; for
instance, the model attempts to simulate the impact of
digital contact tracing apps.

Adding new features to a codebase with this many quality
problems will just compound them and make them worse. If I
saw this in a company I was consulting for I'd immediately
advise them to halt new feature development until thorough
regression testing was in place and code quality had been
improved.

Conclusions. All papers based on this code should be
retracted immediately. Imperial's modelling efforts should
be reset with a new team that isn't under Professor
Ferguson, and which has a commitment to replicable results
with published code from day one.

* * *

Вообще полезный сайт
https://lockdownsceptics.org
Гугл, к сожалению, деиндексирует либо зануляет
пейджранк любому сайту, где высказываются против
коронабесия, поэтому сходу подобные
страницы не найти, надо копаться.

Такие дела
Миша



(Добавить комментарий)


(Анонимно)
2020-05-29 05:25 (ссылка)
> в программе ошибка на ошибке сидит и погоняет

Джон Кармак поглядел и сказал, что норм.

Ревью на кодревью:
https://twitter.com/matthew_d_green/status/1262524232048742400?s=19

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 07:14 (ссылка)
>I teach cryptography at Johns Hopkins.

Дальше не читал. Это же одна банда!

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 12:15 (ссылка)
а я читал;

коротко и со вкусом; программистишек в очередной раз накормили говном (отродясь такого не было, и вот - опять!)

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 10:19 (ссылка)
а что по поводу кода скажет лига пидарасов, очень интересно

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 06:20 (ссылка)
> предсказал массовый мор от свиного гриппа в 2009-м, с 60,000 жертвами

Верхнюю границу интервала берём, про нижнюю не упоминаем, очень удобно.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 10:18 (ссылка)
от 1 до 1000000000. народ, лучшие люди города, топологи когда ссутся за своих высерков смотрят на большую цифру.

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 11:14 (ссылка)
То есть модель дала прогноз от 400 до 60 000 жертв? Хорошая модель, годная, надо брать.

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 08:16 (ссылка)
Чем же плох C или Fortran?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 09:21 (ссылка)
Тем, что в массе на них пишут некомпетентные кодомакаки, которые за 20-30 лет не сподобились выучить любой другой современный язык.

Место Си это несколько узкоспециальных случаев типа эмбеда, да и то...

А фортран - ну это можно понять только если там миллионы строк особо ценного кода (древнего говна на самом деле), которые крайне дорого переписывать (потому что все отказываются в этом ковыряться).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]wasserstrahl
2020-05-29 12:26 (ссылка)
Абсолютное большинство кода для высокопроизводительных исследований пишется на Fortran, C или C++. Просто потому, что когда реально нужна высокая производительность, других вариантов просто нет. Языки, между прочим, вполне современные и развиваются.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]sometimes
2020-05-29 15:01 (ссылка)
Как же вы так можете, эксперт же в треде. Знаток современных языков (в качестве каковых, видимо, выступают go, python и swift).
Но на самом деле интересно, оптимизирующие компиляторы фортрана до сих пор дают выигрыш; но язык все-таки нехорош.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]wasserstrahl
2020-05-29 16:04 (ссылка)
"оптимизирующие компиляторы фортрана до сих пор дают выигрыш"
По сравнению с чем?

"но язык все-таки нехорош"
Почему? :)

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 17:46 (ссылка)
Охуеть блять.

> Fortran, C или C++
> C или C++
> C или C++

Ты знаешь, вменяемые люди когда подобное в резюме, например, видят (типа, "разработчик С/С++"), то сразу, неглядя на остальное, его в помойку выбрасывают.

Но возвращаясь к теме, слова "несколько узкоспециальных случаев" ты решил проигнорировать, да? Где "высокопроизводительные исследования" и где масса разработчиков? Вот этот говнокодер с коронавирусной моделью, он по-твоему, высокопроизводительный код хотел написать?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 20:41 (ссылка)
полыхание пердаков вкументах воистену (sic!)

(Ответить) (Уровень выше)


[info]wasserstrahl
2020-05-30 00:40 (ссылка)
"Ты знаешь, вменяемые люди когда подобное в резюме, например, видят (типа, "разработчик С/С++"), то сразу, неглядя на остальное, его в помойку выбрасывают"

Ты знаешь, мир немножко шире твоей галеры с макаками.

"Но возвращаясь к теме, слова "несколько узкоспециальных случаев" ты решил проигнорировать, да?"

А это и есть узкоспециализированный случай.

"Где "высокопроизводительные исследования" и где масса разработчиков?"

А где ты тут массу видишь? Масса разработчиков веслает, клепая какой-нибудь очередной глючный интернет-магазин или анальный зонд для ведроида. Собственно, в том-то и проблема, что подобный код зачастую вынуждены писать люди, которые в первую очередь специалисты в предметной области, а уже потом -- немножко программисты (зачастую плохие).

"Вот этот говнокодер с коронавирусной моделью, он по-твоему, высокопроизводительный код хотел написать?

А у него выхода нет. Статью читал? Там модель на всю страну, с учетом каждого города, села, больницы и последнего задрыпанного готеля. Ты себе представляешь обсчет всего этого счастья какими-нибудь скриптами от смузихлебов?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 04:24 (ссылка)
>>А у него выхода нет. Статью читал?
Им из за ошибок пришлось на одном ядре все запускать, охуенный выигрыш производительности. Реально они писали на этом говне исключительно в силу привычки, потому что не умеют и не хотят учиться Фортран из питона запускать.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]wasserstrahl
2020-05-30 12:42 (ссылка)
"Им из за ошибок пришлось на одном ядре все запускать, охуенный выигрыш производительности"
Ну потому что хреновые из них программисты.

"Реально они писали на этом говне исключительно в силу привычки, потому что не умеют и не хотят учиться Фортран из питона запускать."

Чтобы запускать фортран из питона, надо сначала что-то написать на фортране, а потом его запустить.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-06-01 20:19 (ссылка)
> Ну потому что хреновые из них программисты.

Ты вообще рефлексируешь или просто по инерции пытаешься противоречить любому реплаю в Интернете? Я с самого начала именно это и написал: проблема Си и Фортрана в том, что _бОльшую_ часть кода на них пишут крайне хуевые программисты; не инженеры, а учоные на хую верчоные, если тебе так больше нравится.

При чем тут "смузихлебство" (мгновенные маркер ебанариев, плохо представляющих индустрию за пределами псевдодилеммы "JS vs. C")? Есть современные небыдло-технологии как специально ориентированные на моделирование процессов так и general purpose, но деды-пердуны, которые программирования касались в последний раз в рамках институтской программы 80-х годов прошлого века, не в курсе и по привычке ебошат однопоточную недетерминистскую лапшу на сишечке.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]wasserstrahl
2020-06-01 23:09 (ссылка)
"Ты вообще рефлексируешь или просто по инерции пытаешься противоречить любому реплаю в Интернете?"
Обсуждаю, как бы.

"Я с самого начала именно это и написал: проблема Си и Фортрана в том, что _бОльшую_ часть кода на них пишут крайне хуевые программисты; не инженеры, а учоные на хую верчоные, если тебе так больше нравится."
Это не проблема Си и Фортрана. Это проблема хуевых программистов. Переход на "современные языки"(тм) никак не отменит того факта, что они хуевые программисты, поэтому хуевый код лучше не станет. Ну, окей, сегфолтов, может, меньше станет, все-таки Си жесток, но наговнокодить можно и без прямой работы с указателями.

"При чем тут "смузихлебство" (мгновенные маркер ебанариев, плохо представляющих индустрию за пределами псевдодилеммы "JS vs. C")?"
Сказал аноним, пользующийся термином "кодомакаки".

"Есть современные небыдло-технологии как специально ориентированные на моделирование процессов так и general purpose, но деды-пердуны, которые программирования касались в последний раз в рамках институтской программы 80-х годов прошлого века, не в курсе и по привычке ебошат однопоточную недетерминистскую лапшу на сишечке."
Давай ты расскажешь это "дедам-пердунам", которые на Фортране пишут что-нибудь типа этого, а?

Знаток, блин, индустрии.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]wasserstrahl
2020-05-30 12:43 (ссылка)
Ты сам-то на фортране писал когда-нибудь?

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 14:25 (ссылка)
потом компетентные некодомакаки начинают пихать го везде, включая эмбед
или начинают переписывать всё, совсем всё, на ржавчине

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 20:41 (ссылка)
полыхание пердака кодомакаки лол

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 09:47 (ссылка)
не получается хуяк, хуяк, и в продакшн

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 11:16 (ссылка)
Тем что макаки из Микрософта в них не могут. Макакам неприятно.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]sometimes
2020-05-29 15:04 (ссылка)
Под макакой из Microsoft анонимный эксперт, вероятно, имеет в виду Simon P.-J., Don Syme и других таких же невежественных чуваков.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 17:49 (ссылка)
А что же они на C и Fortran на пишут, раз такие умные?

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 10:41 (ссылка)
Есть в этом и позитивная сторона. Людей, занимающихся матмоделированием, скоро начнут бить на улицах. Нормальные люди давно уже к этому призывали, может хоть щас с мёртвой точки сдвинется. Причём я даже не говорю про массовые расстрелы - просто отпиздить, ну может обоссать парочку на камеру. Я думаю они поймут мессадж рано или поздно.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 17:53 (ссылка)
слишком сложно

достаточно просто отпиздить людей, призывающих бить на улицах. отпиздить, ну может обоссать парочку на камеру. я думаю они поймут месседж рано или поздно.

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 12:11 (ссылка)
Латыниха на последнем эфире рассказывала про наебалово Фергюсона.

mfr

(Ответить)


[info]bors
2020-05-29 18:07 (ссылка)
Картинки не видно. Но я смотрю на график total deaths на worldometer и он действительно закругяется, но очень медленно, гораздо медленней чем в UK. Такое ощущение, что Шведский R0 достаточно низок, что даже неполный herd immunity делает его меньше единицы. Но продолжаться это может ещё долго. Тогда как в Англии через пару недель можно будет переходить к тестированию легких случаев и точечному карантину.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-29 19:38 (ссылка)
>неполный herd immunity

Не-не, до этого и близко еще не дошло, по всем серологическим тестам.

Скорее, неполное, но все же имеющееся социальное дистанцирование.

Собственно, единственный оставшийся теоретически возможный сценарий, при котором на ковид можно забить, такой: по неизвестным генетически обусловленным причинам, значительная часть населения к нему просто резистентна с самого начала, безо всяких антител. Но никаких свидетельств тому я не видел.

>график total deaths на worldometer

Это не в коня корм, Миша нормальные real-time источники отрицает, верит только в википедию. Т.е. у него представление о жизни от реальности отстает минимум на неделю.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 20:44 (ссылка)
>представление о жизни от реальности отстает минимум на неделю.

разница в неделю абсолютно никакого значения в реальности не имеет.

>Собственно, единственный оставшийся теоретически возможный сценарий

у каледина остался единственный оставшийся теоретически возможный сценарий

(Ответить) (Уровень выше)


[info]p_k
2020-05-29 20:54 (ссылка)
Про herd immunity народ не понимает простой вещи - население делится на множество разных когорт, с разным коэффициентом усиления при передаче вируса. Причем когорты отличаются не только генетически (возможно и это, но надо доказывать), но и по образу жизни, профессии и т.п. Характерный пример - работники боен; трудиться приходится при высокой влажности, низкой температуре, из-за шума постоянно орать, при тяжелой физической нагрузке маски толком не поносишь. Ну и результат - массовой заражение, к счастью, без высокой смертности, так как в основном молодые.

Из-за широкого распределения коэффициента передачи по когортам эффективный R0 падает гораздо быстрее, чем при наивном применении кинетического уравнения. Потому что вначале он определяется самой невезучей когортой, поэтому не по делу высок. Чем-то это напоминает историю с запаздывающими нейтронами в реакторах, для неспециалиста эффект кажется неинтуитивным, а на самом деле эффект тривиален.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tiphareth
2020-05-29 21:05 (ссылка)
угу
[info]xaxam@lj жалуется,
что SIR-модель динамике ковидоэпидемии
в принципе не соответствует, ни при какой подгонке
параметров
https://xaxam.livejournal.com/1296586.html?thread=41494730#t41494730
[info]xaxam@lj сам карантиноверующий, причем довольно
радикальный)

ну и рецепт предлагает тот же самый, разбить по
популяционным группам, после чего при изобретательной подгонке
параметров у него получается вывести из уравнения herd
immunity при заражении 1% населения или типа

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]p_k
2020-05-29 21:33 (ссылка)
Там вроде как не сам хахам предлагает, а его собеседник (первый одно время писал что-то настолько странное, что я уже было заподозрил неладное, рад если с ним все в порядке). Ну да, статья в медрхиве ровно про это. Конкретные цифры как всегда зависят, думаю что в крупных метрополиях типа NYC и Москвы выгорание наступит процентах при 15-20 иммунных, в среднем по индустриальным странам при 5. Экстремальные случаи однородной восприимчивости, типа матросов на нашем авианосце, и дают тот самый верхний предел в 60%.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 14:49 (ссылка)
Одна из причин, по которой данные JHU расходятся с моделью SIR, очевидно, растущая со временем пропорция протестированных от всего населения

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 21:59 (ссылка)
с данными хуево

garbage in - garbage out

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaledin
2020-05-29 21:11 (ссылка)
>из-за широкого распределения коэффициента передачи по когортам эффективный R0 падает гораздо быстрее

Или медленнее: например, если есть когорта, игнорирующая локдаун постоянно, даже не очень большая, то все, толку от него нет.

Или еще как-то.

Пиздец, в принципе, что никто этого даже не пытается изучать.

Но к оценкам про herd immunity оно все-таки никак не применимо: там итоговая цифра от R0 не особо зависит.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bors
2020-05-29 21:22 (ссылка)
Почему не зависит. Если в Стокгольме (и области) R0 примерно 1.111 (с теми мерами, что были приняты. например больше 50 не собираться), то herd immunity образуется на 10% с иммунитетом, что примерно и есть в Стокгольме (серологические тесты запаздывают больше чем на неделю - только что порпавившийся не будет их сдавать).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-29 21:57 (ссылка)
Только когда оно очень близко к единице -- т.е. без ограничений оно не достигается. А полтора или 2 совершенно пофигу уже.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bors
2020-05-30 00:31 (ссылка)
Полтора останавливается на трети переболевших же. Не удивлюсь, если в Нью Йорке есть районы с таким количеством (правда в таких районах и R0 без локдауна большой очень).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-30 00:43 (ссылка)
Но треть это уже в два с половиной раза больше имеющегося.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]bors
2020-05-29 21:33 (ссылка)
Есть, кстати, еще вариант, что более уязвимые к этому вирусу легче разаражаются. Т.е. есть большой процент населения, который может избавится от малого количества этого вируса не вырабатывая антител. Тогда в первую очередь вырабатывают антитела/умирают более слабая часть населения, и мы видим высокую смертность, а сегодня болеют менее узявимые, и смертность падает и R0. Оба фактора объясняют график.

Впрочем, я не знаю как работает имунная система человека, так что это всё мои фантазии, но R0 может упасть и по социальным причинам - люди становятся более осторожны и без дополнительных законодательных ограничений.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-29 21:59 (ссылка)
Есть еще вариант, что 80% населения к нему невосприимчивы вообще.

Но поверю, когда увижу.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 12:21 (ссылка)
проскакивала такая тема (не вникал глубоко), что если был когда-то инфицирован другими коронавирусами (неопасными), то это дает некоторый иммунитет

>The paper also reports evidence that other coronaviruses (common cold) can confer cross-immunity to #COVID19.

https://twitter.com/BallouxFrancois/status/1261554903928967168

>'Cross-immunisation': A proportion of the population might have pre-existing immunity to #SARSCoV2 , potentially due to prior exposure to 'common cold' coronaviruses. Under such a scenario, only a fraction of the population could be infected by the virus at this stage.

https://twitter.com/BallouxFrancois/status/1265563349913395204

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 12:59 (ссылка)
так вроде писали, что других коронавирусов пока не было, респираторных.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 13:13 (ссылка)
там есть ссылка же на статью в твите: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30610-3

поискал по "common cold":

>Four human coronaviruses are known causes of seasonal “common cold” upper-respiratory tract infections: HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63, and HCoV-229E. We tested the SARS-CoV-2 unexposed donors for seroreactivity to HCoV-OC43 and HCoV-NL63 as a representative betacoronavirus and alphacoronavirus, respectively.

>Additionally, lack of detailed information on common cold history or matched blood samples pre-exposure to SARS-CoV-2 prevents conclusions regarding the abundance of cross-reactive coronavirus T cells before exposure to SARS-CoV-2 and any potential protective efficacy of such cells. Finally, full epitope mapping in the future will add important detailed resolution of the human coronavirus-specific T cell responses.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 14:50 (ссылка)
но если коронавирусов настолько овер дохуя разных, какой смысл тогда в заявлениях об иммунитете?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 18:23 (ссылка)
никакого, так же как и в локдауне

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 21:58 (ссылка)
> никто этого даже не пытается изучать.

но как это можно изучать, пардон? или, если угодно, что именно изучать? данных никаких нет сколько-нибудь приличных. 2020 год, век IT, но так и не научились собирать информацию (отродясь такого не было, и вот - опять!).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-29 22:51 (ссылка)
Хоть как-то. Модель написать, да? Насколько я знаю, ни одна существующая модель на учитывает неоднородность по числу распространения.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-29 23:02 (ссылка)
ну вот может напишут новую модель теперь, которая попытается учесть неоднородность по числу распространения.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaledin
2020-05-30 20:49 (ссылка)
Но в принципе, что нет нормальной статистики по заболевших, это полный пиздец -- а ее походу нет, не только у меня, вообще ни у кого (кроме разбиения по возрастам и anecdotal evidence про пользу курения). Но проблема не в том, что неумеют, я думаю, а в дебильных европейских data protection laws.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 22:36 (ссылка)
не умеют, потому что не делают и никогда не делали. по предыдущим гриппам тоже нет приличной статистики, насколько я понял. законы может и мешают, но это опять же неизвестно досконально, поскольку никто ничего не делает.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-31 03:37 (ссылка)
Чего там делать-то? госпитальные пациенты все переписаны; надо просто свести их в единую базу, со всей возможной информацией, и смотреть корреляцию со всеми возможными параметрами (включая профессию, например). Для гриппа этого нахрен не нужно, потому и не делали, а здесь очевидно нужно. Но сделать нельзя, потому что немедленно поднимется вой. Ах за нами следят.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-31 08:09 (ссылка)
а, это. технически проблемы учета госпитальных пациентов, их занятий и тд нигде в европке нет, разумеется. у пациента есть номер соцстраха, по нему в налоговой можно пробить, где пациент работает и тд.

>поднимется вой. Ах за нами следят.

не слышал, чтобы проблему где-либо озвучивали в данной формулировке.

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-31 14:07 (ссылка)
>госпитальные пациенты все переписаны

а негоспитальных пациентов как учитывать? если как обычно (то есть никак), то можно, я думаю, даже не начинать.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaledin
2020-05-30 20:52 (ссылка)
Ок, а вот навскидку, для игры ума: можно придумать модель, которая обьясняет *линейный* рост? Такое было в февральских данных из Ирана и в теперешних из Швеции. Можно конечно списать на то, что данные кривые, но с чего бы им в Иране и в Швеции быть кривыми в одну сторону? Ну в смысле, одно обьяснение я сходу придумаю, сверху спустили максимально допустимые цифры -- но как-то про Швецию не хочется в такое верить.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 21:11 (ссылка)
в швеции очень мало делают тестов, практически только госпитализируемым больным и медикам.

вчера появились сообщения, что возможно начнут тестировать публику в поликлиниках, по предварительной записи (на вирус в слизистой гортани и носоглотки)

https://www.svt.se/nyheter/lokalt/vast/regiondirektoren-vi-oppnar-upp-for-provtagning-av-allmanheten

или вы хотите смоделировать линейный рост чего-то другого?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-30 21:40 (ссылка)
>в швеции очень мало делают тестов

Ок, но как это обьясняет?

>или вы хотите смоделировать линейный рост чего-то другого?

Там по обоим параметрам линейный (причем уже недели 3). Мне интересно, как такое может быть.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 22:57 (ссылка)
ничего не понял, извините.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]sasha_a
2020-05-31 03:20 (ссылка)
Постоянный источник заражения (одной и той же мощности).
И нулевое заражение от контактов внутри населения.
Например, прилет иностранцев, мало ли...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-31 03:38 (ссылка)
Ну какой прилет, все границы перекрыты давно. А в случае с Ираном, он сам был главным очагом инфекции на много стран вокруг.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]sasha_a
2020-05-31 03:47 (ссылка)
Это к примеру.
Другой вариант, капитально зараженное мусульманское гетто со строго ограниченными контактами с остальным населением.
(Деталей совсем не знаю, гадаю на кофейной гуще.)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-05-31 04:43 (ссылка)
Да тоже не выходит: если у тебя есть подгруппа населения X, из которой ползет зараза, то раз она ползет с постоянной скоростью, то и процент заразы в группе X тоже должен быть постоянным. А как такого добиться, тоже непонятно. Если там сегодня 100%, то через две недели будет 0.

Не, тут нужен какой-то вариант out-of-the-box. Вот может [info]p_k может такое придумать, я точно нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-31 13:48 (ссылка)
Например можно предположить, что коэффициент распространения у вируса около 1, плюс-минус. То есть он при неблагоприятных условиях самозатухает. Но есть определенная группа лиц, которая этим вирусом специально подпитывает популяцию, когда начинает замечать незапланированное затухание. это хорошо объясняет линейный рост.
А можно еще предположить, что существует второй штамм этого вируса, опасный, но с очень низким коэффициентом распространения. Тестами оба вируса определяются как один. И этот опасный вирус специально распыляют в некоторых местах, где он вызывает необъяснимые вспышки смертности. Это хорошо объясняет смертность в Ломбардии, где карта повышенной смертности выгдялит так, как будто по городам проехал один единственный человек-распространитель. Вышел на берег на восточном побережье рядом с Сан Марино, повернул немного недоехав до Милана и дальше как можно быстее уехал через Випитено в Австрию.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]p_k
2020-05-31 13:02 (ссылка)
Кажется что более-менее строго можно только утверждать, что вероятность того, что логарифм от числа заболевших на каком-то интервале времени будет выпуклым вниз, экспоненциально мала (как функция от длины интервала). Все остальное настолько зависит от всего, что возможны любые решения.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]pzz
2020-06-01 03:21 (ссылка)
Ну, например, если посадить людей в ряд, позволить им ходить вдоль ряда с конечной скоростью и заразить крайнего, то инфекция будет распространяться вдоль ряда с более-менее постоянной скоростью (ограниченной скоростью передвижения носителей), а общее количество зараженных будет линейной функцией от времени. Швеция довольно вытянутая страна, судя по карте.

Привет, кстати.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-06-01 03:43 (ссылка)
И тебе привет!

Но Швеция не особо одномерная. Одномерная страна по-моему вообще только одна -- Чили! вот там да, куда ни лети, с одной стороны море, с другой гора.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]pzz
2020-06-01 03:58 (ссылка)
Ну ты просил модель для развлечения разума, а не настоящее объяснение :-)

Но вообще, как мне кажется, если люди передвигаются на небольшие расстояния по одним и тем же маршрутам, то график зараженных должен довольно быстро устаканиться где-то в промежутке между O(t) и O(t^2), в зависимости от вытянутости территории (вытянутости сетки дорог, а не внешнего контура).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-06-01 04:26 (ссылка)
Т.е. иными словами, если социальный граф одномерный (с редкими разветвлениями). Черт, интересная мысль!

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]pzz
2020-06-01 04:46 (ссылка)
Или если он состоит из большого количества небольших кластеров, и граф связей между кластерами одномерный.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaledin
2020-06-01 05:22 (ссылка)
В любом случае -- если снять массовое перемешивание, экспонента вообще ниоткуда не следует, все определяется свойствами графа. Офигенно же! Новая социальная физика вообще, социум не как газ, а как твердое тело.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]pzz
2020-06-01 11:33 (ссылка)
Если ты смешаешь кислород с водородом и впустишь туда искру, тоже не будет никакой экспоненты. Будет куб, потому что оно 3-мерное.

Экспонента будет, может, в каком-нибудь квантовом газе, в котором каждый s некоторой вероятностью связан с каждым. Если такое вообще бывает в физическом мире.

Так что возвращаю тебе твоё упражнение: придумай модель, реализующую экспоненту :-)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tiphareth
2020-06-01 13:10 (ссылка)
химическая реакция в пространстве отрицательной кривизны
(например, трава, горящая на седловине).
Периметр круга (площадь шара) в таком пространстве растет как
экспонента от радиуса.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]tiphareth
2020-06-01 13:10 (ссылка)
https://en.wikipedia.org/wiki/HyperRogue

(Ответить) (Уровень выше)


[info]tiphareth
2020-06-01 13:12 (ссылка)
аналогично, если граф знакомств представляет собой
регулярное дерево валентности k, шар радиуса n
имеер k^n элементов, что дает экспоненциальный рост
(как шара, так и его границы), соответственно, заражение
будет расти экспоненциально

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]pzz
2020-06-01 13:54 (ссылка)
Мне кажется, такое возможно, только если считать эти связи мгновенными (не зависящими от расстояния). Но если попытаться развернуть такое дерево в реальном эвклидовом пространстве, так не получится.

Вот распостранение слухов действительно может быть экспоненциальным, в отличии от сифилиса, слухи передаются за одинаковое время на любое расстояние.

И тебе привет, кстати!

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tiphareth
2020-06-01 13:58 (ссылка)
ужасно рад тебя видеть!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaledin
2020-06-01 21:03 (ссылка)
Тривиально! -- Миша ниже написал. Но ниоткуда не следует, что у социального графа отрицательная кривизна!

Отрицательна кривизна у дерева например, валентности три и выше. Но люди кажется самоорганизуются не так.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]pzz
2020-06-01 12:01 (ссылка)
Экспонента получается, если каждый, с некоторой вероятностью, мгновенно связан с каждым, и скорость распространения определяется конечностью инкубационного периода, и этой вероятностью.

Если же связи локализованы и не мгновенны, то получается полином небольшой степени, и все очень зависит от свойств графа. Что печально, в этом случае инфекция может не затухать, а циркулировать до бесконечности, даже если пресловутый R < 1

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-29 23:12 (ссылка)
без ковидла было бы скучно. а так народ занят по самое нехочу, считает что то, доказывает, пердаки греются.

(Ответить)


[info]tanuki
2020-05-30 02:37 (ссылка)
Говорят в Норвегии намного меньше смертность, чем в Швеции, на этом делают вывод, что политика Швеции не верна.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]tiphareth
2020-05-30 07:45 (ссылка)
И там и там 90% смертности в муслимских гетто
просто в Швеции процент муслимов больше

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tanuki
2020-05-30 13:15 (ссылка)
Антисанитария?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2020-05-30 13:30 (ссылка)
конкретно мигранты очень тесно живут, например три поколения в одной квартире. молодые приносят вирус, пожилые умирают. местные гораздо реже живут в такой тесноте.

далее, они (пожилые) очень социальные - в своей среде. общаются много, поэтому друг от друга тоже заражаются. многие плохо понимают или вообще не понимают по-шведски, поэтому до них информация о социальном дистанцировании дошла позже (сначала информация шла только на шведском, потом стали дублировать на национальных языках).

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2020-05-30 14:54 (ссылка)
Очередной пиздёж, в Швеции половина умерших это дома престарелых

(Ответить) (Уровень выше)

https://swprs.org/
(Анонимно)
2020-05-30 22:51 (ссылка)
Вполне хороший ресурс, тракили коронобесие с самого начала, оттуда есть линки на остальные.“The only means to fight the plague is honesty.” (Albert Camus, 1947)
Ещё есьб классный мужик который профессионально статистикой занимается. Про Штаты прекрасно просто ЛокдаунСкептик и инпропоршн таки больше про Бриташку.
https://wmbriggs.com/

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: https://swprs.org/
[info]tiphareth
2020-05-30 22:56 (ссылка)
очень хороший
http://lj.rossia.org/users/tiphareth/2020/04/02/
хотя в комментах тонны батхерта "нтв врет",
граждане почему-то уверены, что это путлеровская пропаганда

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: https://swprs.org/
[info]kaledin
2020-05-31 04:44 (ссылка)
>почему-то

???? это вообще-то бьет в глаза, нет? собственно, ровно всем, кроме тебя.

Особено трогательна там "антироссийская" статья.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: https://swprs.org/
(Анонимно)
2020-05-31 08:55 (ссылка)
можно подумать, кого-то ебут эти статьи про сраную.

(Ответить) (Уровень выше)

Ferguson
[info]apol
2020-06-01 11:23 (ссылка)
Предсказания Фергюссона про свинячий грипп - это мелочи. С причьим он ошибся на 6 (шесть) порядков.
Предсказал в 2005г:
Last month Neil Ferguson, a professor of mathematical biology at Imperial College London, told Guardian Unlimited that up to 200 million people could be killed.
В реальности умерло 282.

Надо с computational biologists делать, как с лекарствами. Для лекарств проводят double blind placebo-controlled test.
Такой же тест надо для учёных:
Берем ученого, поручаем ему предсказать смертность эпидемии. А в контрольную группу набираем гадателей на кофейной гуще, лозоходцев и экспертов по картам таро.
Потом сравниваем, у кого модель точнее.

(Ответить)