Вот текст программы на бейсике с комментариями:

10 REM Модель генетической эволюции - одномерный клеточный автомат GEMOCA
15 REM Дима Даннер, 2007

20 REM объявление и установка параметров (см.описание модели)
22 coevol=0.02: REM коэффициент эволюции
25 cell=0: REM текущая клетка
30 color=0: colors=1: REM параметры текущего цвета и сложности программы
40 noise=0.1: REM физическая вероятность ошибки
50 cycle=0: REM счетчик циклов
60 repro=0: REM счетчик успешных воспроизведений
71 error=0: REM флаг ошибки
80 corepro=0: REM коэффициент воспроизведения
85 REM здесь обявляются массивы для сбора статистики

90 REM ** ГЛАВНЫЙ ЦИКЛ **
95 REM ВОСПРОИЗВЕДЕНИЕ
100 cycle=cycle+1
110 color=color+1: IF color>colors THEN color=1: error=0: REM следующий цвет
120 x=RND: IF x<noise THEN error=1: REM ошибка с вероятностью noise
130 cell=color: IF error=1 THEN cell=INT (RND*colors)+1: color=cell
140 IF color=colors AND error=0 THEN repro=repro+1: REM успешное воспроизведение
146 LET corepro=repro/cycle: REM подсчет коэффициента воспроизведения

147 REM МУТАЦИЯ (см. описание модели)
150 LET x=RND: REM проверка условия усложнения программы
160 IF x<coevol/4 AND corepro>0.5 THEN colors=colors+1: REM усложнение программы
170 IF corepro<0.5-(colors-1)*coevol THEN colors=colors-1: REM упрощение программы - отбор
180 IF colors=0 THEN colors=1

185 REM ** КОНЕЦ ГЛАВНОГО ЦИКЛА **

186 REM ВЫХОДЫ ИЗ ГЛАВНОГО ЦИКЛА
190 IF cycle/20000<>INT (cycle/20000) THEN GO TO 90: REM дискретизация для сбора статистики
195 REM после этой строки идет сбор статистики, показ промежуточного состояния,
196 REM изменение вероятности ошибки итд
500 IF cycle<4000000 THEN GO TO 90: REM выход из главного цикла, в данном случае 4 млн. попыток
501 REM КОНЕЦ РАСЧЕТОВ

510 REM здесь идет подсчет окончательной статистики, ее показ и сохранение
520 REM КОНЕЦ ПРОГРАММЫ

Прстая Java-версия того же кода, без GUI и записи статистики (все результаты валят в консоль), но это можно прикрутить при потребности.
Кстати кажется результаты не репродюсаются.

(В коде в комментах куски оригинального кода и это все выглядит жутко здесь, но в Эклипсе при подсветке синтаксиса читаемость нормальная)

<pre>
import java.util.Random;

/*
10 REM Модель генетической эволюции - одномерный клеточный автомат GEMOCA
15 REM Дима Даннер, 2007
*/

public class GEM {
public static void main(String[] args) {
/*
* 20 REM объявление и установка параметров (см.описание модели)
* 22 coevol=0.02: REM коэффициент эволюции
* 25 cell=0: REM текущая клетка
* 30 color=0: colors=1: REM параметры текущего цвета и сложности программы
* 40 noise=0.1: REM физическая вероятность ошибки
* 50 cycle=0: REM счетчик циклов
* 60 repro=0: REM счетчик успешных воспроизведений
* 71 error=0: REM флаг ошибки
* 80 corepro=0: REM коэффициент воспроизведения
* 85 REM здесь обявляются массивы для сбора статистики
*/
double cEvol=0.02; // DD: коэффициент эволюции SR: что бы это могло означать?..
int color=0; // DD: параметры текущего цвета SR: какие такие параметры? это текущий цвет,
// (или его идентификатор - как хотите), но никакие не параметры
int nColors=1; // DD: и сложности программы
double cNoise=0.1; // DD: физическая вероятность ошибки SR: занятный термин "физическая вероятность"
int nCycle; // DD: счетчик циклов
int nSucRep=0; // DD: счетчик успешных воспроизведений
// boolean fError=false; // DD: флаг ошибки
double cRepro=0; // DD: коэффициент воспроизведения

double eLif=0.5; // SR: требуемый порог выживаемости
int tnCycle=4000000; // SR: Количество циклов, которое нужно выполнить
Random rnd=new Random();

// int colored[]=new int[tnCycle]; // SR: Массив сгенерированных значений "цвета"
// int numcols[]=new int[tnCycle]; // SR: Кол-во цветов (слоэность)
// double ssrates[]=new double[tnCycle]; // SR: % успешных "репликаций"

for(nCycle=0;nCycle<tnCycle;nCycle++)
{
/*
* 90 REM ** ГЛАВНЫЙ ЦИКЛ **
* 95 REM ВОСПРОИЗВЕДЕНИЕ
* 100 cycle=cycle+1
* 110 color=color+1: IF color>colors THEN color=1: error=0: REM следующий цвет
* 120 x=RND: IF x<noise THEN error=1: REM ошибка с вероятностью noise
* 130 cell=color: IF error=1 THEN cell=INT (RND*colors)+1: color=cell
* 140 IF color=colors AND error=0 THEN repro=repro+1: REM успешное воспроизведение
* 146 LET corepro=repro/cycle: REM подсчет коэффициента воспроизведения

* 147 REM МУТАЦИЯ (см. описание модели)
* 150 LET x=RND: REM проверка условия усложнения программы
* 160 IF x<coevol/4 AND corepro>0.5 THEN colors=colors+1: REM усложнение программы
* 170 IF corepro<0.5-(colors-1)*coevol THEN colors=colors-1: REM упрощение программы - отбор
* 180 IF colors=0 THEN colors=1

* 185 REM ** КОНЕЦ ГЛАВНОГО ЦИКЛА **
*
*/

if(++color>nColors)
{
color=1; // SR: почему не color=0 ?
// fError=false;
}

if(rnd.nextDouble()<cNoise) // if(fError)
{
color=(int)rnd.nextDouble()*nColors;
// fError=true;
// System.out.println("Colors = "+nColors+"; Generated: "+colored[nCycle]);
} else if(color==nColors)
{
nSucRep++;
}
// colored[nCycle]=color;
// SR: Мы записываем в colored значения, которые никогда не читаем

cRepro=((double)nSucRep)/(nCycle+1);

if(rnd.nextDouble()<(cEvol/4) // SR: почему cEvol/4 ?
&& cRepro>eLif) nColors++;

if(cRepro<eLif-(nColors-1)*cEvol && nColors>1) nColors--;

</pre>
*cut due to char count limit for commetn*