Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2012-01-14 22:48:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Дополнение про бактерию
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1762183.html Там интересное ответвление разговора. Итак, сделали искусственную бактерию, идентичную натуральной. По общему мнению, она относится к тому же виду и обладает той же генеалогией. Ведь копировали код - так что она самым натуральным образом "происходит" тою же генеалогией, что и натуральная бактерия.

Хорошо.

Теперь мы видим следующую ситуацию. В лаборатории в результате экспериментов возникает бактерия. Искусственная, как и в первом случае. Однако ситуация иная: это результат ошибки, случая, побочный эффект. Короче, не было цели делать эту бактеорию и не собирались ничего копировать - где-то в сложнейшей механике произошел сбой и получилась бактеориальная форма. Однако потом, при исследовании, оказалось, что она идентична некой натуральной форме.

Без (сознательного) копирования некоторый набор генетических блоков дал организм, который и до того существовал.

Можно ли считать, что эта искусственная бактерия имеет ту же генеалогию, что ее естественный двойник?


(Добавить комментарий)


[info]vitus_wagner@lj
2012-01-14 15:53 (ссылка)
Это зависит от того, будут ли отношения в области генной инженерии регулироваться авторским или патентным правом.

Если они регулируются авторским правом, то это - другой вид с другой генеалогией. Есть возможность доказать, что плагиата не было, и, соотвественно, можно выходить на рынок с этой бактерией, держатель прав на естественную бактерию тут не сможет прикопаться.

Если же они регулируются патентным правом, то очевидно, возникшая в результате ошибок эксперимента бактерия попадает под патент на оригинальную бактерию, и продавать ее не платя отчислений владельцу исходного патента нельзя. Ну и что что независимая разработка. Важно кто из независимых разработчиков первым до патентного бюро добежал.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:37 (ссылка)
понял

(Ответить) (Уровень выше)


[info]open_2@lj
2012-01-14 15:54 (ссылка)
Если генеалогия это в строгом смысле слова "происхождение", то конечно нет. Она по-другому произошла, несмотря на генетическую индентичность. Речь идет в данном случае об этом конкретном одноклеточном организме-особи.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:37 (ссылка)
мне объясняли, что генелалогия и есть код - он так возникает, в генеалогии. тем самым при копировании - копируется генеалогия

(Ответить) (Уровень выше)


[info]olaff67@lj
2012-01-14 15:57 (ссылка)
Технически - можно
Гуманитарно - возможно все.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:37 (ссылка)
угу

(Ответить) (Уровень выше)


[info]aknost@lj
2012-01-14 16:06 (ссылка)
Ага, уровень изоляции наблюдателя и сходящаяся вероятность..

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:37 (ссылка)
я не знаю этих людей

(Ответить) (Уровень выше)


[info]yuss@lj
2012-01-14 16:06 (ссылка)
А почему нет?
Помимо сознательного проекта есть и случайность. Стохастически искусственая по генезису даже в случае сбоя аналогична естественной.

Но тут нужен анализ терминов искусственный и естественный. В ряде случае эта дихотомия теряет смысл.

(Ответить)


[info]rezoner@lj
2012-01-14 16:13 (ссылка)
"и обладает той же генеалогией"

Это выше моего понимания. Генеалогия - это история предков, какие же предки у искусственной бактерии?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:38 (ссылка)
объясняют, что код и есть генеалогия, другой же не бысть. с копированием кода копируется и генеалогия. мол.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]rezoner@lj
2012-01-15 15:53 (ссылка)
Это слишком похоже на Оруэлла - произвольное изменение прошлого.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]shultz_flory@lj
2012-01-14 16:14 (ссылка)
А этот вопрос имеет практическое значение? Ну, в смысле ответ на него дает нам новое знание?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:38 (ссылка)
бывает, что мысленные эксперименты дают новое знание. но бывает, что одним дают, а другим - нет

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]shultz_flory@lj
2012-01-15 15:00 (ссылка)
Про мысленные эксперименты я согласен.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]jak40@lj
2012-01-14 16:28 (ссылка)
Всегда полагал, что "чисто философские" и "научные" вопросы достаточно хорошо обособлены друг от друга. Интереса к первым у Вас раньше не замечал ;)
Или это, действительно, скорее об авторском праве и т.п.?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]shultz_flory@lj
2012-01-14 16:32 (ссылка)
Напротив, философии хдесь немало.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kondybas@lj
2012-01-14 16:34 (ссылка)
Как будет называться какашка, если она будет розовая, пушистая и будет пахнуть шанелью?
Правильный ответ: "какашка". Потому что какашка - всегда какашка.
Но, с другой стороны, то, что выглядит, как собака, лает, как собака, кусается, как собака, и имеет геном собаки - безусловно, является собакой.

(Ответить)


[info]diing@lj
2012-01-14 16:48 (ссылка)
если упростить опыт - и рассматривать кристал - ну ... снежинки.

то как не экспериментируй с исходным материалом - и условиями появления критала
в любом случае его форма будет определяется некой матрицей свойств исходного "материала" - его генеологией.
Искуственно, сознательно - или естествуенно созданы условия его порождения. какая разница.

(Ответить)


[info]droffnin@lj
2012-01-14 16:59 (ссылка)
По-видимому, нет, т.к. естественная бактерия, скорее всего, развилась путём иных мутаций.
Аналогично, если подвергнуть обратной разработке без декомпилирования некий фрагмент закрытого кода, полученный свободный код может быть практически идентичен, но его происхождение иное. Просто в некоторых случаях правообладателя это не убедит, его вообще не убедит ничего.
Впрочем, я совершенно не разбираюсь в генетике и очень слабо -- в кодинге, так что это скромное частное мнение.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:39 (ссылка)
понял. иная, значит, генеалогия

(Ответить) (Уровень выше)


[info]idvik@lj
2012-01-14 17:01 (ссылка)
Есть прекрасная статуя Аполлона, во время войн ей наносили повреждения, во времена стыдливые одевали в изящные одежды, во времена борьбы за расовое равноправие перекрашивали, во времена феминизма, несколько видоизменяли важные внешние признаки.
во времена тепличные возвращали первоначальный облик, но оставались следы смены эпох, невидимые глазу, даже опытного искусствоведа.
А историю метаморфозы этой статуи помнят только опытные историки.
А конкретику изменений формы опытные реставраторы.
О некоторых деталях умалчивают пуритане, часть знаний отстаивают руководители гендерного движения, о неважности и относительности цветовосприятия, продолжают говорить дальтоники и борцы за толерантность.

А теперь вопрос к статуе Родена.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]a_bugaev@lj
2012-01-14 17:45 (ссылка)
Еще вспоминается Борхес, "Пьер Менар, автор «Дон Кихота»"

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2012-01-14 19:41 (ссылка)
Еще вспоминается темпоральность А. Болдачева.

<<<Самое важное – изначально понять, что наша темпоральность, наша протяженность во времени это не промежуток времени между двумя событиями, скажем, рождением и смертью человека – темпоральность характеризует наш размер во времени именно здесь и сейчас, совершенно независимо от хронального времени нашего существования. Как, скажем, длина грузовика не зависит от пройденного им пути.

наиболее близкое по смыслу к темпоральности понятие из традиционного научного лексикона это характерное время процесса.

В противоположность сугубо пространственным объектам (кристаллам и грузовикам) существуют исключительно темпоральные объекты – не обладающие никакой пространственной структурой. Такова, скажем, одноголосая музыкальная мелодия.

Самое главное тут – обратить внимание на то, что, пока не прозвучат слова «время» и «пространство», мы не можем указать принципиальные различия
между кристаллом и мелодией

Чтобы принципиально не путать темпоральность (временную «наполненность», временную насыщенность объекта) с хрональностью (длительностью его существования), из понятия «темпоральность» следует полностью исключить какой-либо намек на измеряемость в единицах времени.

здесь и далее по тексту под сложностью я буду понимать структурное разнообразие. Такого определения достаточно, чтобы однозначно утверждать, что каприс Паганини сложнее – структурно разнообразнее, имеет большее количество элементов и связей, – чем «чижик-пыжик», что молекула бензола сложнее молекулы воды, а нервная система человека сложнее нервной системы лягушки.

каждый объект, который мы способны выделить в окружающей нас действительности, может быть описан как темпоральная система с нулевым или ненулевым пространственным отображением. В этой терминологии Мир есть темпоральная система, явленная нам в виде пространственного среза
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1594979.html


(Ответить) (Уровень выше)


[info]signamax@lj
2012-01-14 17:05 (ссылка)
можно что угодно
только вопрос - какова задача такой классификации?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:40 (ссылка)
нет вопроса. если можно что угодно - какие могут быть вопросы7

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kondybas@lj
2012-01-14 17:23 (ссылка)
Я тут еще немножко подумал, случайно...
Разве генеалогический путь важнее факта тождественности двух организмов? Почему бы не считать параллельную продукцию генома всего лишь разными по трудоемкости решениями одной задачи?

(Ответить)


[info]alamar@lj
2012-01-14 17:32 (ссылка)
Если она информационно саязана с первой, то да.

Если нет, то вероятность идентичности настолько мала, что можно не обсуждать. А так - нет :)

(Ответить)


[info]artais@lj
2012-01-14 17:40 (ссылка)
такое событие можно считать невероятным. такого, по всей видимости, невозможно достичь на практике. но если считать это исключительно мысленным экспериментом, то эти бактерии все равно будут одного вида. дело в том, что материльный критерий вида сильнее исторического, который все равно всегда может находиться под сомнением и является вспомогательным. мы данную ситуцию наблюдаем в биологии развития - есть клеточные типы, которые происходят из совершенно разных эмбрионльных линий. то есть одни из, скажем, эктодермы, а другие из мезодермы. Результат - одинаков. Потому что все дело в репрограммировании - генеалогия для этого исключительно важна, но не уникальна. одного и того же результата природа может достигать разными способами - это нормально. генеалогия в данном случае - всего лишь знание о технологии. можно создать гайку 10 разными способами и это все равно будет гайка.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2012-01-14 19:29 (ссылка)
ПРО ГАЙКИ
<<<Софт» отделяется от «харда» тем, как мы о них думаем?!

Да, и в этой мысли нет ничего странного. Мы привыкли к такому разделению настолько, что мы его не осмысливаем. Для решения программистской задачи нам дается условие, и в это условие неявно входит существование компьютера. Программист изготавливает нечто, что в совокупности с этим компьютером решает поставленную задачу. Это нечто мы называем программой, и отделяем ее от «железа» по линии поставленной задачи: то, что было дано, и то, что программист менять в процессе решения не мог, мы назовем «железом», а то, что к нему добавили, решая задачу — «программой». Эту границу провести просто, только когда была поставлена задача, и мы можем проследить процесс ее решения. Теперь представьте марсианского ученого-компьютеролога, которому достался работающий компьютер с простеньким текстовым редактором. Проведет ли он границу там же, где провел ее программист, написавший этот редактор?

Чтобы почувствовать, каким может быть ответ на этот вопрос, задумаемся о реальности границ. Если граница между «хардом» и «софтом» реальна, но марсианин ее обнаружит. Если эта граница существует в человеческом сознании, отягощенном западной культурой и наукой, то вполне вероятно, что марсианин прочертит ее иначе. Пример с компьютером, чтобы рассуждать о границах было легче, можно значительно упростить. Представьте себе три камешка на столе. Где проходит граница, отделяющая «три» от камешков? Реальна ли она? А если мы возьмем три кубика, или три гайки, или три стола, или три горы или планеты, и проведем границу, она отделит то же самое «три» — существует ли «три» само по себе?

Здесь можно было бы говорить о разных философских системах, но, чтобы нам думать дальше, годится только одна. В мире нет «трех» — во всяком случае, в мире за пределами наших с вами костяных черепов. И, чтобы два раза не вставать, в мире нет кубиков, гаек, столов, гор и планет.
http://fregimus.livejournal.com/116622.html

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]artais@lj
2012-01-15 17:10 (ссылка)
я не согласен с приведенным примером. есть носитель и аппарат, а есть циркулирующая динамическая информация. мне кажется такое деление технически универсальным как теорема Пифагора. именно эту ситуацию мы имеем в живой клетке будучи в роли марсиан. кстати, не имея возможности делать дамп этой динамической информации, мы концентрируемся на анализе клеточного железа. не факт, что можно понять железо без знания законов, по которым в нем циркулирует информация, чисто софтверных законов. но это уже отдельная ужасно интересная тема.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2012-01-15 21:47 (ссылка)
Ужастно интересная вещь, волшебное слово информация, которым все легко пользуются, это слово ползволяет решать, сложнейшие философские и мировозренческие вопросы в двух предложениях, но что стоит за этим словом, раньше такими словами были пространство и время.
Теперь ее легко переносить туда сюда, взяли мерки с человека перенесли на другую основу, вот и вечная жизнь.
Как то быстро на мой взгляд без должной рефлексии информация стала базовым понятием.
Есть мнение,что это далеко не базовое понятие, а просто мера разнообразия в определенныз координатах, что информации, нужен например читатель, в общем как начинают разбиратся по серьезному, кричи караул, вся невыносимая легкость бытия испаряется в пыль, разного рода фантазий, однако гипнотическая сила этого слова велика есть

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:41 (ссылка)
да, понимаю.

_генеалогия - всего лишь знание о технологии_

хорошо сказано

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]artais@lj
2012-01-15 14:53 (ссылка)
это была и ирония тоже. в каждой шутке..

(Ответить) (Уровень выше)


[info]artais@lj
2012-01-14 18:08 (ссылка)
но может я и не прав. это зависит от применимых определений вида.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:42 (ссылка)
ну, это понятно, но не так интересно. тут ведь важно попробовать на зуб понятия - к чему они приводят. Видите - понятие генеалогии оказалось лишним, а - как дышал...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]artais@lj
2012-01-15 14:53 (ссылка)
я, кстати, очень сочувствую генеалогии и был бы за введение генеалогических индексов в случае морфологически-идентичных видов. а про дышал - тут дело в том, что на самом деле дает генеалогия. вот вы как думаете, дает генеалогия что-то, кроме технологии как истории модификаций или нет? я про себя думаю, можно сказать, чувствую, что дает, но не могу определиться в деталях. кроме того, мы, конечно, имеем дело с жизнью, а не с идеальной системой, где такие двойники невозможны. поэтому на практике такой вопрос не существует.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 15:01 (ссылка)
Я попробую ответить на вопрос - потому что Вы сказали, что Вам интересно. Так что попробую ответить всерьез, вопреки обыкновению.
Примерно 150 лет назад была совершена ошибка. Было два компонента знания - представление о том, каквоы модусы эволюции, какими законами она управляется, как идут тренды эволюционных событий. И другой блок знаний - систематика с морфологией, общие представления об сутройстве живых форм. Для восстановления филогенеза было принято, что мы "знаем", каковы модусы эволюции, а вот систематика с морфологией - вещи сомнительные, и мы будем по филогенетическим формализмам проверять данные систематики.
В результате эта ошибка переходит от одной парадигмы к другой и только усиливается. Почти всё, что сейчас делается, можно сливать в унитаз - потому что выправить эту ошибку уже нельзя, она встроена в великое множество рассуждений. То есть всё то, что говорится о генеалогии - весьма сомнительно, с этим можно работать, пожалуй, с нуля - начинать заново разрабатывать методы, потому что прежние испохаблены невозвратно.
Поэтому ответ на вопрос, что дает генеалогия, таков - совершенно не важно, что дает современная совокупность методик восстановления генеалогии. Это в неизвестной доле липа - может, где и правда, но нельзя знать, где. А вменяемо восстановленная гееналогия что-то давать, конечно, может - но до этого еще дожить надо. Пока нет и света в конце туннеля - так что и говорить нечего. Сейчас продолжается массированное исправление систематики по неверно сделанным и неверно трактуемым данным генеалогии.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]artais@lj
2012-01-15 16:46 (ссылка)
да, понимаю. спасибо, что разъяснили, я даже не думал об этом в таком аспекте. поймал себя на мысли - мне не верится в "натуральность", "правдивость" существующей системы систематики. она скорее выполняет примерную, утилитарную роль, хотя бы каркас основных групп. то, что меня интересует в биологии особенно глубоко, - это дизайн живых организмов и его эволюционные трансформации. так вот там столько уровней организации, мама мия! и каждые 5 лет рушатся очередные догмы. раньше трихоплакс был то, а вот отсеквенировали - и он теперь се. окзывается, что и концепция эмбриональных листков (экто, мезо и энтодермы) уже поставлена под сомнение. а ведь это краеугольный камень эволюции развития и тд. то, что было морфологически удобно и считалось первичным - оказывается не более чем сугубо вторичным искусственным интеллектуальным конструктом. то есть у меня и многих моих коллег из клеточных областей заранее не было иллюзий относительно системы живого. но хотелось бы как лучше, как правильнее, это да. еще раз большое спасибо за детальный ответ!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]artais@lj
2012-01-15 16:55 (ссылка)
вот, учать в институтах, кишечнополостные - примитивные двуслойные животные, и не бывает у них таких сложных структур, как у трехслойных. мне всегда хочется сказать - а вот вы глаз у кубомедуз видели??? или ропалиум??? не хуже, чем у нас с вами! я вообще ни капли не удивлюсь, если как-нибудь появится статья в природе, что половина кишечнополостных произошла дегенерацией каких-то вымерших вторичноротых =). и тд. со всякими опистоконтами, инфузорной многоклеточностью - масса, масса аспектов до сих пор по-настоящему не понятых. куда нам до верной генеалогии даже сейчас со всей молекулярной филогенией. я конечно, перебарщиваю и утрирую, но все же.

Image

(Ответить) (Уровень выше)


[info]bbzhukov@lj
2012-01-15 17:48 (ссылка)
Примерно 150 лет назад была совершена ошибка и т. д.

Я, собственно, не сомневался в Вашем отношении к эволюционно-филогенетической интерпретации систематики :-). Но все же приятно выслушать развернутую формулировку непосредственно от Вас.

Пойду кину ссылочку одному ЖЖ-собеседнику. А то он никак не поймет, как может систематика не быть основанной на филогении...

(Ответить) (Уровень выше)


[info]jak40@lj
2012-01-15 18:30 (ссылка)
Понятие генеалогии оказалось, скорее, устаревшим (как, скажем, с геологией, которую пришлось обобщать на Луну и прочие земли). Но, по-видимому, вполне работающим вне предложенного мысленного эксперимента.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]idvik@lj
2012-01-14 19:48 (ссылка)
Если следовать за А. Болдачевым эти бактерии имеют одну и ту же темпоральную генеалогию и совершенно разные хрональные генеfлогии.

<<Самое важное – изначально понять, что наша темпоральность, наша протяженность во времени это не промежуток времени между двумя событиями, скажем, рождением и смертью человека – темпоральность характеризует наш размер во времени именно здесь и сейчас, совершенно независимо от хронального времени нашего существования. Как, скажем, длина грузовика не зависит от пройденного им пути.

наиболее близкое по смыслу к темпоральности понятие из традиционного научного лексикона это характерное время процесса.
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1594979.html

В противоположность сугубо пространственным объектам (кристаллам и грузовикам) существуют исключительно темпоральные объекты – не обладающие никакой пространственной структурой. Такова, скажем, одноголосая музыкальная мелодия.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:42 (ссылка)
понятно

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]idvik@lj
2012-01-15 15:18 (ссылка)
Ну я то сам не понял, я только начал ломать голову каким интересным способом связаны понятия идентичности и понятие вида в биологии, и там далее очень интересно с законом тождества, но понять пока силы мысли не хватает.
В общем виде нужно разрабатывать совершенно новые понятия, тождественности,
что мы имеем ввиду когда говорим,что эти бактерии идентичны.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]sin_gular@lj
2012-01-14 22:57 (ссылка)
Странно, что никто не заметил что этот вопрос - прекрасный дзенский коан, и правильный ответ на него - просветлене вопрошаемого.
А кроме этого - это несколько оффтоптоно - в програмирование сущесвуют два подхода к типизации - дак-тайпинг и стрикт-тайпинг, дающие на Ваш вопрос два отаета - да и нет)
Судя по тому, что оба подхода на практике применяются - думаю что и и положительный, и отрицательный ответ могут быть осмысленными, в зависимости от задачи.
Ну и на основании знакомства с Вашим блогом, рискну предроложить, что Вы единственно осмысленным посчитали бы ответ "да", правда?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:43 (ссылка)
Вы правы. Я очень надеюсь на просветление вопрошаемых.

Я не знаю правильного ответа, более того - он мне не очень интересен. Я верю, что Вы хорошо знакомы с моим блогом - может быть, лучше меня.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]sin_gular@lj
2012-01-15 14:51 (ссылка)
Ну, мне показалось, что и большинство вопрошаемых отвечают – правильного ответа нету. Достигают ли они при этом просветления?)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:52 (ссылка)
Ну Вы же обещали... нет уж, раз Вы сказали - должны достигать.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]sin_gular@lj
2012-01-15 15:35 (ссылка)
Похоже я слишком скор на обещания)
Про моё знание Вашего блога вышло как–то грубовато. Я просто пытался фантазировать – если мейнстримовая картина мира не вменяема – тогда что? Напрашивается монизм, объективизм, Айн Ренд. А там бактерии всё равно, что мы о ней думаем – она такая, какая есть. По этому я и решил предложить, что «да».
Ошибся – не первый и, надеюсь, не последний раз)

(Ответить) (Уровень выше)


[info]olnud@lj
2012-01-14 23:39 (ссылка)
Кабы - не люблю такие разговоры. Реальность интереснее. Кто бы мне сказал, что такое ВИД у бактерий? Чем он отличается от штамма. Говорят - генетически. Но вот, скажем, "классика" микробиологии - Yersinia pestis и Y. pseudotuberculosis: генетически они на виды не тянут, а по всему прочему - сами понимаете. Так что загадки с новыми искусственными видами скучны на фоне тех условностей, в которых варится современная микробиология.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]m_r_smith@lj
2012-01-15 14:36 (ссылка)
Это, конечно, что реальность интереснее. Но только вот нам-реалистам такие скучные искусственные задачи, типа предложенных хозяином, надо бы щелкать как орехи (хотя и невкусные).

Проблема вида у бактерий в данном случае не имела никакого значения. Бактерии были предложены только в том смысле, что их кажется интуитивно проще воспроизвести химически, чем кого-то еще.

Некоторую лишнюю тень на плетень тут наводит условие полной идентичности, хотя всем известно, что РЕАЛЬНЫЕ биологические виды (при любом критерии вида) состоят из неидентичных особей.

Что же касается идентификации искусственного дубликата с реальным прообразом, то этот вопрос давно рассмотрен во всей своей полноте на примере Железного дровосека. Ему по частям заменяли отрубленные органы тела протезами, и только сердце (то есть видовую самоидентификацию) пришлось вставить отдельно, причем сам факт вставления был гораздо важнее материала, из которого его изготовили.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]olnud@lj
2012-01-16 05:33 (ссылка)
>Проблема вида у бактерий в данном случае не имела никакого значения

Имеет.Решение проблемы, которая была поставлена ИПитд, напрямую связана с определением вида. Для сторонников филогенетической концепции вида данная задача решается однозначно: искусственно новый вид создать нельзя. Концепций вида много и понятие РЕАЛЬНОСТИ биологического вида - не такая у и реальность.

>состоят из неидентичных особей.

Штамм-вид у бактерий - это как раз совокупность идентичных особей.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]m_r_smith@lj
2012-01-16 17:07 (ссылка)
>> Штамм-вид

Позволю полюбопытствовать:
это тут дефис, знак равенства или знак минуса?
И кто его постаил -- тоже интересно.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]olnud@lj
2012-01-17 00:10 (ссылка)
Это противопоставление

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:44 (ссылка)
простите, что расскучал

(Ответить) (Уровень выше)


[info]zakuka@lj
2012-01-15 03:51 (ссылка)
"Без (сознательного) копирования некоторый набор генетических блоков дал организм, который и до того существовал"

Если произошло копирование, разве важно, сознательное оно было или нет? Обычно генетическая информация копируется без участия людей, и никаких вопросов относительно вида получившегося организма не возникает. Так что, наверное, это будет тот же вид.
А если копирования не было - то вероятность этого почти так же мала, как и в естественных условиях. То есть не будет такого.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-15 14:44 (ссылка)
Понятно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]bbzhukov@lj
2012-01-15 17:29 (ссылка)
Можно ли считать, что эта искусственная бактерия имеет ту же генеалогию, что ее естественный двойник?
Нет.

Потому что - не скажу за всех, кто высказался за видовое единство гомункулюса с оригиналом, но лично я не согласен с тем, что генеалогия и есть код, и не утверждал такого. Генеалогия - это история происхождения. Применительно к коду генеалогия - это непрерывная цепочка копирований (хотя бы и с перекодированием и сменой носителей). Если копиования не было - значит, нет и единства генеалогии.

Но вот к одному виду их все равно отнести можно. Потому что если такое возможно (генетическая идентичность без копирования), значит, проклятые номогенетики были правы: виды - это не результат уникальной эволюционной истории, а разрешенные состояния живого, к которым можно прийти с разных сторон. И стало быть, концепцию эволюционного вида можно с легким сердцем хоронить.

Вот только если скопировать реально существующую бактерию почти наверняка в принципе возможно (Вентер, почитай, уже сделал это), то случайно создать ее точную копию, не сверяясь с оригиналом - это уже апелляция к чуду. Но в мысленном эксперименте - отчего бы и нет?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-16 09:10 (ссылка)
Там можно добавлять... Скажем, по нуклеотиду приставляя - чудо. А из трех блоков случайным перебором? А из пяти блоков? И вуаля.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2012-01-16 21:17 (ссылка)
Дык тогда надо, чтоб сами блоки делали синтетически, но по образцу кусков чьего-то реально существующего генома. Дальше я вижу два аспекта:

1) Тривиальный. Если блоков мало - каждый сам несет в себе изрядную генеалогию, если много - становится невероятным случайное совпадение с реальным геномом. Ловить некое промежуточное положение, чтоб можно было сказать, что "тут нет генеалогии" - чистая софистика.

2) Нетривиальный. Взяли блок от одного, от другого, от третьего (возможно, из очень разных групп), слепили вместе - и вдруг получилось нечто не просто жизнеспособное, но совпадающее с чем-то реальным, от кого ничего не бради. Если бы такое вдруг получилось - это заставило бы оч-чень сильно присмотреться к существующим представлениям о модусах эволюции генома... да и вообще о модусах эволюции. И понятие "сборная группа" приобрело бы вдруг совершенно неожиданный смысл :-).

Кстати, кабы это было возможно, мы бы довольно скоро об этом узнали, даже без гомункулюсов. Сейчас уже прочитано довольно много полных геномов и их уже вовсю сравнивают "каждый с каждым". Если у кого-то с кем-тои совпадают блок в треть или пятую часть генома, это должно вылезти.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-17 05:06 (ссылка)
есть тексты вирусологов по поводу определений вида. именно как п. 2 - они горюют - у них вовсю горизонтальный перенос, причем повторяющийся, видимо - есколько раз с близким результатом синтез.

Так что это не фантастика, а так и есть. Вроде бы.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]bbzhukov@lj
2012-01-17 08:04 (ссылка)
А вирусологи сами виноваты: приписали неживому статус живого, включили в систему живых форм - вот пусть теперь и мучаются!

Нет, ну понятно, что с вирусами такое должно быть сплошь и рядом: когда весь геном в семь-восемь генов, то даже один ген "со стороны" - это уже существенный вклад. Там действительно простым перебором можно насоздавать кучу способных к репродукции форм. И, вероятно, немалая часть из них будет совпадать с реально существуюшими - возможно, так и возникшими.

Другое дело, что какова бы ни была система, на чем бы она ни строилась, включение в нее столь сомнительного объекта, как вирусы, неизбежно приведет к парадоксам. Этак можно и прионам бинарные имена присваивать - а потом делать на этом основании выводы об общих свойствах живых форм :-).

"Гробы русские, немецкие, католические и металлические" ((с)).

(Ответить) (Уровень выше)


[info]barson@lj
2012-01-16 01:39 (ссылка)
По-моему, вопрос из серии: "Если на другой планете в результате ошибки случайно напишется "Война и мир", то можем ли мы продолжать считать Л. Тостого её автором?"

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-16 09:10 (ссылка)
хороший вопрос

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vitakurj@lj
2012-01-17 02:10 (ссылка)
В рассказанной истории можно уточнить один важный момент,
который проще всего проиллюстрировать примером (мысленный эксперимент).

Допустим, все геномы имеют длину 2 нуклеотида, а их генетический
алфавит состоит из букв А и Т, которые и являются генами.

При таких допущениях возможны 4 генома : АА, ТА, АТ и ТТ.

Сразу очевидно, что 3 из 4х геномов содержат одинаковые
гены (А и Т), но это - не следствие их генеалогического родства.

Далее, репликация геномов АА и ТТ приводит к тому же,
что и рекомбинация между геномами АТ и ТА.

На этом уровне рассмотрения "генеалогия" теряет свою значимость.
По аналогии с "агрегатным состоянием электронов".

Классический принцип "omnis cellula e cellula" является, на мой взгляд, более
серьезной причиной для неотрывности систематики от генеалогии.

Он же ограничил копированием и центральную догму молекулярной биологии.
Перестройки геномов, "сбои", оказались слабо формализованными, потому что не было
четкой гипотезы, чтобы придать фокус исследованиям.

Впрочем, на уровне ДНКовых текстов у LUCA были РНКовые предшественники,
а это может служить достаточным основанием для построения дедуктивной генетики.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-17 05:42 (ссылка)
Да, конечно, растет соблазн не обращаться ни к чему, кроме генетики. Это уж всегда так - ищем под фонарем. Никакие уговоры здесь не помогают - только когда здорово расшибут лоб, начнут понимать, что ограничения у метода есть, и очень серьезные.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vitakurj@lj
2012-01-17 10:28 (ссылка)
Безусловно, и саму возможность поставить в искусственном геноме подпись создателей
можно расценивать как ограничение генетики. А создание известной бактерии
через синтез её генома в лаборатории, - случаем затянувшихся блужданий под фонарем.

Дело-то как раз в том, что механизмы рекомбинации не настолько освоены наукой,
в сравнении с механизмами репликации, чтобы ими можно было оперировать
на интуитивном уровне (как копированием кода, т.е. генома, - в Вашей истории).
Они как раз интенсивно исследуются в настоящее время.

В моём примере дедуктивный метод призван проиллюстрировать, что, по результатам,
копирование и рекомбинирование могут проявляться как равновеликие процессы.

Я удивился, что в разговорах никто до сих пор не употреблял слова "рекомбинация".

Разбивание лбов я вынесу за границы обсуждаемого.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-17 10:37 (ссылка)
да, конечно, рекомбинация... Можно усложнить всю эту ситуацию.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vitakurj@lj
2012-01-17 15:00 (ссылка)
Образно говоря, примерно настолько же,
насколько вокзалы усложняют движение поездов.

А если по сути и экономя на образах, то
продолжение требует более формального языка и реальной работы.

Спасибо.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nil_0@lj
2012-01-23 04:04 (ссылка)
Если бригада обезьян с пишущими машинками напечатала "Войну и миру", то кому принадлежат авторские права? Обезьянам или Л.Н.Толстому? Если в результате броуновского движения из атомов самособрался маленький зелёный слоник, то какова его генеалогия?


Я бы термодинамическими чудесами смело принебрёг.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-23 04:41 (ссылка)
Ну вот сделают Вам завтра ту бактерию, тогда посмотрим.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nil_0@lj
2012-01-23 04:45 (ссылка)
В описанной Вами ситуации, если неоригинальная бактерия собралась, то будет это отнюдь не случайно, а в результате, например, загрязнения материалов этой бактерией (или хотя бы её фрагментами).

(Ответить) (Уровень выше)


[info]irin_v@lj
2012-01-24 15:57 (ссылка)
http://www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=I9tIADZiwOs#!

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2012-01-25 03:19 (ссылка)
cпасибо. крутой фильм

(Ответить) (Уровень выше)