Да, это отличный выход. И я согласен, что это будет очень точное заключение. Причем все иные решения будут связаны с сомнительными выводами и меньшей точностью. Меня смущает не неточность, а бессмысленность этого решения. Но, может быть. я не понимаю - даже скорее всего. Скажите - на какой вопрос идет этот ответ? то есть - в чем состоит исследовательский интерес, который удовлетворяется таким ответом о гомологичности?

я думаю, что даю общий ответ, пригодный для практики мол. систематических исследований (если верно понял Ваш посл. вопрос). Он (ответ) общий в том смысле, что отвечает на вопрос о гомологии локусов (не генов, а именно локусов, ведь не всякий же локус - это ген, верно?). Ведь бывают и и некодирующие локусы (интроны), как здесь быть с "функциональным подходом"? Но просто часто так случается, что, грубо говоря, сходные гены (с "одинаковым" секвенсом) кодируют сходные белки - отвечают за сходные функции - и т. д. Отсюда и желание плясать от органогенеза там, все такое.

petrov_ivanov

Вы извините, если это звучит по-дурацки... Это я понимаю - что Вы сказали. Получаем ответ о гомологии локусов. Можем выстроить некую генеалогию. Даже пускай - не только локусов, подберемся в идеале к генеалогии генов. Получим эту последовательность. и что? Чем это интересно? Ходить в сторону белки... оргапногенез... и т.д. - до последовательности видов - нам нельзя, мы же с самого начала сказали, "органогенез здесь не поможет" - там падает точность, начинаются проблемы - ну, наверное, с пересечением, то есть разные гены будут целыми сетями обеспечивать органогенез, и поди разберись. а раз в эту сторону ходить нельзя - вот я и не понимаю, зачем знать эти генные (локусные) гомологии.

для меня это вопрос - решаемый в прагматической плоскости - вот, я нашел некую последовательность нуклеотидов. Что это такое? Для того, чтобы это понять, я делаю ee BLAST в генбанке - там идет чисто фенетический расчет того, что называют Parwise distances (как правило), т. е. программа вычисляет степень идентичности (гомологичности, если хотите) моей неизвестной последовательсноти с другими известными. Таким образом, я отвечаю на свой вопрос. Ваш скепсис по поводу мол. исследований мне известен. На мой взгля, Вы упускаете здесь массу возможностей - упускаете то, что ганному локусу часто и не надо знать о всей той сложности, кот. сопровождает видообразование. Т. е. видообразование идет во времени - и последовательности замен копятся во времени. Гомологизируя какие-то локусы и строя соотв. кладистическое дерево, я, грубо говоря, вычисляю траекторию движения данной группы во времени - и тем самым, "маркирую" эволюцию, которая, конечно, значительно сложнее, нежели история накопления замен в данном локусе.

Давайте мы временно забудем о моем скепсисе. Это облегчит разговор. Будем говорить о моем незнании и непонимании. Я в предыдущем комменте предвидел Ваше объяснение и сказал, чего я в нем не понимаю. Давайте я повторю подробнее - чтобы легче было взять меня за руку и сказать. где я ошибся. Итак: утверждаем, что в силу разнробразных причин прослеживать гомологии от локусов до органогенезов и далее - дело ненадежное, много трудностей и точность невелика. Принято. Решили идентифицировать только первичную последовательность. Принято. С помощью всякоразных методов сделали. Для построения последовательности ветвлений приняли кладизм. построили. Получили кладограмму локусов. Перебросили мост к целому гену; я согласен считать - даже к большим выделам первичной последовательности. Принято. получили кладограмму. А вот вывод не понимаю. Где основания считать, что " вычисляю траекторию движения данной группы во времени". Еще поясню. Взятые в начале локусы были "отделены" от того, частями частей чего они являлись, мы от всякоой эмбриологии и органогенеза отказались. Это не организмы, это локусы, к ним - грубо говоря - латынь не относится. А в конце работы мы как-то взяли и получили вывод об эволюции "группы". Это откуда взялось? Где обоснование того, что полученная кладограмма относится к некоторым группам организмов?

Во-первых, "латынь остается" в том смысле, что мы анализируем на ДНК вообще, а ДНК (локусы), выделенные из каких-то организмов. Во-вторых, и это существенно, в молекулярно - систематических построениях следует использовать те локусы, кот. не имают первичного полиморфизма - скажем, локусы, представленные в единственной копии, либо те семейства повторов, в которых (в каноническом случае) все их члены одинаковые с точностью до одного нуклеотида (скежем, ITS). Это означает, что если у Вас есть вид А - и есть локус С, но у каждых 2 индивидов А последовательность С будет одной и той же. Если же вы работаете с семействами генов, то да, конечно, будут самые разные нестыковки. Далее, вот у Вас есть вид А и вид Х. Допустим, они понимаются систематиками как систематически близкие таксоны, а в анализируемом роде - 3 вида. При этом оказывается, что в отношении локуса С эти 2 вида отличаются от третьего вида В по 8 нуклеотидным позициям (8 заменами, грубо говоря). Т. е. в 10, 12, 37, 156, 217, 456, 500 и 721 позициях у видов А и Х оказываются одни и те же нуклеотиды, кот. отличают пару А и Х от В (скажем, в 10 локусе у А и Х тимин, у В - гуанин, в 12 у А и Х аденин, у В - тимин и т. д.). Все остальные позиции в данном локусе одинаковые. Совершенно естественно, что факт совпадения замен в названных 8 локусах у А и Х говорит о родстве А и Х, т. е. ситуация читается таким образом - виды А и Х девергировали от общего предка и суть сестринские таксоны, при этом группа А + Х - сестринская к В.

Допустим, А и Х отличаются друг от друга опушением (звездчатые волоски - простые волоски), а оба А и Х отличаются от В морфологией венчика (губа одной формы - губа другой формы соотв.). Разумеется, генетика всех перечисленных признаков не имеет никакого отношения к исходному локусу - но это и не требуется в нашей ситуации

petrov_ivanov

дИвергировали

Да, это я примерно так и представляю. У меня по первой фразу затык получается. Я попробую еще раз... Вы во всем этом рассуждении про виды спокойно пользуетесь обозначениями таксонов, групп организмов - вид А, вид В. Но операции - и практические, и мыслительные - производятся с локусами и проч. Локусы имеют собственные названия. Это не таксоны. Я понимаю, что они жестко привязаны к таксонам, что не бывает вида А без такой-то последовательности, это признак, жестко маркирующий вид А. Это примем, и оставим в стороне все случаи варьирования. Я вот что пытаюсь понять. Благодаря этим жестким признакам. маркирующим таксоны, мы выстраиваем последовательность таксонов, которую трактуем генеалогически. Очень хорошо. Но ведь потом совершаются обратные операции. Узнав, что вид В - предковый к А, или класс, или тип, - потом делаются выводы о том, почему он утерял или приобрел сегментацию, какой образ жизни вел, какие направления морфологического развития шли - всякие вопросы об истории и эволюции таксона. Но ведь это вроде как запрещенная операция: мы же отказались отслеживать значение последовательности нуклеотилдов, решать задачу органогенезов. И вдруг это делаем. Получается странная картина: прослеживание цепи от гена к признаку впрямую - очень трудная задача, туманная и в общем случае нерешаемая. Но стоит нам этими нашими операциями установить последовательность - мы вдруг обретаем возможность очень многое сказать о развитии разных морфологических признаков, разрешении противоречий биологии, развитии группы и т.д. Как бы получаем знание из ниоткуда. Мне кажется - либо мы должны признать. что ЗНАЧЕНИЕ данной последовательности азотных оснований нам неизвестно и мы можем с их помощью отследить лишь последовательность предковых последовательностей, не более того, и там нельзя ставить латынь - чтобы не было соблазна переходить на уровень целого организма, это неправомерно. Либо - если такой переход возможен и реконструкции возможны, тогда получается логическая дырка - в таком случае мы бы должны легко прослеживать все эти органогенезы и прочие эмбриологические штучки.

Вы во всем этом рассуждении про виды спокойно пользуетесь обозначениями таксонов, групп организмов - вид А, вид В. Но операции - и практические, и мыслительные - производятся с локусами и проч. Локусы имеют собственные названия. Это не таксоны.
---------------
но это как если бы Вы сказали, Вы во всем оперируете волосками (у одного вида волоски такие, у другого - другие), но волоски имеют собственные названия. Это не таксоны...
Ну да, локусы - не таксоны - но по локусам, как и по волоскам, можно судить о специфике таксонов, т. ск...

Я вот что пытаюсь понять. Благодаря этим жестким признакам. маркирующим таксоны, мы выстраиваем последовательность таксонов, которую трактуем генеалогически. Очень хорошо. Но ведь потом совершаются обратные операции. Узнав, что вид В - предковый к А, или класс, или тип, - потом делаются выводы о том, почему он утерял или приобрел сегментацию, какой образ жизни вел, какие направления морфологического развития шли - всякие вопросы об истории и эволюции таксона. Но ведь это вроде как запрещенная операция: мы же отказались отслеживать значение последовательности нуклеотилдов, решать задачу органогенезов. И вдруг это делаем. Получается странная картина: прослеживание цепи от гена к признаку впрямую - очень трудная задача, туманная и в общем случае нерешаемая. Но стоит нам этими нашими операциями установить последовательность - мы вдруг обретаем возможность очень многое сказать о развитии разных морфологических признаков, разрешении противоречий биологии, развитии группы и т.д. Как бы получаем знание из ниоткуда.
-------------------------------------
Давайте вернемся к предыдущему примеру. Допустим, виды А и Х отличаются друг от друга опушением (звездчатые волоски - простые волоски), а оба А и Х отличаются от В морфологией венчика (губа одной формы - губа другой формы соотв.). Разумеется, генетика всех перечисленных признаков не имеет никакого отношения к исходному локусу С (пусть, для простоты - это будет какой-то интрон) - но "в лице" этого локуса Вы получаете дополнительный источник информации - то, что маркирует время (грубо говоря). Т. е. ЗА ТО ВРЕМЯ, КАК В ПРЕДЕЛАХ ЛОКУСА С КОПИЛИСь ЗАМЕНЫ, ПРОИЗОШЛИ ЭВОЛЮЦИОННЫЕ СОБЫТИЯ - НАПРИМЕР, ОТ ОБЩЕГО ПРЕДКА ДИВЕРГИРОВАЛИ А и Х. В основе соотв. макро-признаков, кот. отличают А и Х. (в основе морфологии волосков) даже не обязательно лежат жесткие ген. изменения - возможно, это эпиаллели вообще - но за это время соотв. полуляции распределелись там по ареалу, все такое... Вот этот момент - накопление замен - тем более, в интроне - это мощнейший дополнительный источник информации, Вами не учитывается.

petrov_ivanov

Прослеживаемые эволюционные замены в некотором смысле непосредственно дают нам время. Принято. В этом - маркируемом генетическими изменениями - времени протекают независимые от него события: время здесь именно независимо идущие часы, а не последовательность изменений некой структуры. Значит, изменения объекта не связаны с самими часами - они просто лежат в стороне и показывают время. Именно по этой причине любые волоски есть части или части частей "таксона", а то, что наблюдается молгенетикой в качестве часов к частям такосна не относится - имеет совсем другое отношение к таксону, именно из этого рассуждения и вытекает, что "волоски" можно именовать соотв. латынью, а гены - нет, они же меняются независимо от всего прочего. То есть: именно факт, что данные структуры меняются незаивисмо от всего прочего "организма", служит обоснованием, что это - не части данного организма. Мы нашли внеположенные организмам часы - отчего же их то считают отдельными, то вдруг приплюсовывают к прочим частям?

Далее. Мы по независмой шкале времени получили последовательность предков, кладограмму. Мы не могли ее получить по другим признакам - если бы могли, не нужна бы была молгенетика, она как раз отстаивает, что прочие методы много менее надежны. Принято. Но тогда откуда мы имеем право пользоваться столь ненадежными данными в дальнейшем? По окончании работы молгенетики мы имеем эту кладограмму, ориентированный ряд форм. Но это не может служить подсказкой для прочих методов, методов макроморфологии - ведь эти методы настолько ненадежны, что мы с самого начала приняли, что пользоваться ими не будем.

Значит, изменения объекта не связаны с самими часами - они просто лежат в стороне и показывают время.менно по этой причине любые волоски есть части или части частей "таксона", а то, что наблюдается молгенетикой в качестве часов к частям такосна не относится - имеет совсем другое отношение к таксону, именно из этого рассуждения и вытекает, что "волоски" можно именовать соотв. латынью, а гены - нет, они же меняются независимо от всего прочего.
--------------
Разве локус не находится в обьекте? Ход часов состоит в том, что случайным образом изменяется первичная структура локуса

Но это не может служить подсказкой для прочих методов, методов макроморфологии
---------------------------
Именно может - ведь тиканье часов - это изменение первичной структуры ДНК самого же обьекта, признак, если хотите, который требует обьяснения. Давайте вернемся к предыдущему примеру - но допустим, что А и Х (виды с идентичной структурой локуса С) отличаются друг от друга не опушением (звездчатые волоски - простые волоски), а морфологией венчика (губа одной формы - губа другой формы соотв.), при этом вид В морфологически близок к А (в смысле, тот же венчик) - и оба (А и В) отличаются от Х звездчатыми волосками. Допустим в предыдущих классификациях виды А и В относились к одной секции, а Х к другой. Но мол. систематика показывает, что в дейтвительности А и Х - родственники, а В не родственен А "напрямую" (= есть сестринская группа ко кладе А плюс Х). Что это означает - это означает то, что форма венчика, одинаковая у А и Х, и звездчатые волоски - это параллельные признаки, скорее всего, вообще не имеющие генетического определения. Что здесь не так? Или Вы предлагаете проигнорировать факт совпадения 8 независимых случайных замен у А и Х в локусе С?

petrov_ivanov

Я не предлагаю игнорировать факт. Я пытаюсь его понять. То, что Вы предлагаете, означает: в организме есть нечто, что ему не принадлежит, не является его частью - так же, как часы не часть человека. Это нечто совершенно посторонее, никак не связанное с прочим. оно просто "внутри" - что, собственно, никакой разницы - хоть внутри. хоть где. правда, оно зачем-то воспроизводится вместе с организмом? Зачем? Ответ, видимо - так склалось, механизм там такой, не может не воспроизводить всякую шушеру. И вот оно с прочим никак не связано. и выдает об этом прочем совершенно точные ответы. Ну, это так всё здорово устроено. Хорошо, я верю. Просто такое удобное устройство. Жаль, на новых видах при творении не пишут маленькими буковками их латинские названия - но хоть часы в карман положить не забывают.

Раз Вы хотите на примере, я попробую, хотя, как мне кажется, в таких случаях примеры ничего не проясняют. а лишь топят в ненужных подробностях. Инак, ситуация. Три вида. Внешние морфологические признаки не дают нам истинного знания об их взаимоотношениях. Все эти "прежняя классификация считала" - лишние слова. Они имеют отношение и обращаются лишь к старой ситуации в науке, а мы говорим об объектах. Итак, прежние методы не позволяли нам сказать ничего достоверного об отношениях трех видов. пришла молгенетика и точно установила, в каких отношениях они находятся. поскольку все прежние методы не были достоверны, работать ими после результатов молгенетики нельзя - если они раньше давали недостоверные выводы, мы не имеем права применять их дальше, когда молгенетика закончила свою работу и больше ничего сказать не может. Итак, мы получили истинные отношения трех видов. Точка. Ничего больше узнать и сказать не можем. Я спрашиваю: а зачем нам это знание?

вопросы аксиологии - это все-таки несколько иное ("зачем нужна система Линнея" etc), что же касается часов - то их ход и состоит в изменении струкруры ДНК от поколения к поколению - т. е. это все тот же вопрос о том, что Вы не "вообще" ДНК смотрите, а именно ДНК данного вида (т. е. Вы не правы, когда утверждаете "в организме есть нечто, что ему не принадлежит, не является его частью - так же, как часы не часть человека") - локус является частью организма, а организм принадлежит к данному виду. Ход часов состоит в изменеии первичной структуры локуса, но т. к. речь о структуре - она (структура) используется уже в кач. морфологического признака - независимого от тех признаков, кот. определяют данный вид (таксон) "на макроуровне".

petrov_ivanov

Спасибо. Извините, что я пристал. Это и в устной форме много времени занимает. а уж так, пальцами, - еще раз извините. Я примерно понял, что в каких случаях произносится.

да не за что, наоборот - как всегда, очень интересно.
petrov_ivanov