Это обрывок исторического экскурса, к современному языку большого отношения иметь не должно.

В семнадцатом веке предшественником "Ё" было не просто "IO": сверху ещё "крышечка" была объединяющая. Это было неудобно, вот и стали искать замену со временем. Естественно, кто-то для простоты мог писать и "ио", и ещё по-всякому. Но вообще "Токио" и "Ио" непричём. А "йог" и "йод" — да, нелогично в каком-то смысле. (Типа, это я в Википедии сейчас прочитал.)