Ну, во первых, не все.

Более ранние и более поздние часто обходятся без луковиц или (более поздние) имитируют их внешними конструкциями, не связанными с церковным объёмом. Просто надстройки на крыше. Эдакий символ.

А вот расцвет луковичных церквей пришёлся на 15-16 века. И частично в 17м веке. Потом Пётр начал менять архитектуру церквей в сторону европейских образцов, а наследники продолжили.

Так для чего же строили купола с луковицами?

А с утилитарной целью. Для звукового резонанса в их объёмах.

В толстенных потолках церквей для этих же целей оставляли пустоты в кладке, соединённые с общим объёмом помещения. Назывались они “голосы”.

Резонансная частота зависит от формы пустоты, но в первую очередь от её объёма. Голосы были резонаторами для высоких частот. Для более низких частот пришлось выстраивать те же голосы в виде дополнительных циллиндров, вытянутых вверх от потолка, увенчанных луковицей.  (Физика волновых колебаний. Ничего другого придумать невозможно для этих целей.) А для самых низких частот резонаторами служили сам церковный свод и купольные и боковые полукруглые арки церковного помещения. 

Поэтому в истинно русских церквях указанного мной периода купола были разной высоты и объёма. Каждый под свою резонансную частоту. Также и сама церковь снабжалась многочисленными арками разного объёма. Как и боковые и внутренние арки. Таким образом, русская церковь была по сути каменным органам, настроенным на максимально мощное и благозвучное звучание церковных хоралов. В отличие от классического органа, инициатором звуковых колебаний были не медные пластины, через которые продували воздух, а голосовые связки хористов.

Ради благозвучия русские церковные архитекторы жертвовали всем: и симметрией, и экономией.

А всё потому, что основным способом воздействия на паству в Русской Православной церкви была не проповедь, а литургия – церковное хоральное песнопение. И воздействие очень мощное.

Как делился своим опытом один советский атеист, присутствовавший на литургии в одном из храмов Троицко-Сергиевской лавры в 70е годы:

“Фальцет солиста взвивается на такую высоту, что уши ломит. А потом ка бухнут басы! Аж в груди вибрирует. Я уж на что неверующий, но так и хочется упасть на колени и каяться. А старушки, тех аж трясёт. И слёзы с их щёк брызгают на мой пиджак”.

Ну, а для благолепия эти купола-резонаторы были украшены и внутри, и снаружи и снабжены для естественной подсветки внутренних рисунков окнами. Церковный свод имитировал наше небо, в котором было отверстие, ведущее в купол, которое изображало высшее небо с ангелами и прочими божественными сущностями.

Русские церковные архитекторы не сразу научились выстраивать каменные резонансы. Поэтому более ранние церкви имели всего один купол. Позже в погоне за европейством архитекторы (чаще всего сами европейцы), не понимая роли резонансов, или вообще строили церкви без куполов или видели в них какой то нелепый декоративный элемент и старались его облагородить симметрией. И самого церковного помещения, и куполов над ним и вообще всё строение. Возводя четыре симметрично расположенных купола одинаковой формы.

А сейчас архитекторы и вообще не понимают смысл куполов и тем более не умеют настраивать в камне резонансы путём варьирования форм и объёмов церковных помещений.

Утраченное искусство...

Вот типичный пример: Благовещенский собор Кремля.

Видно, что собор не симметричен. Собор снабжён многочисленными куполами разной величины. А также боковыми резонаторами закруглённой формы. Нажав на фото получите большую картинку, где это хорошо видно.

Внутри собора арок-резонаторов ещё больше.